MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0910.1 Hoxd8 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.130000 0.120000 0.200000 0.550000 0.606061 0.121212 0.111111 0.161616 0.606061 0.080808 0.202020 0.111111 0.330000 0.050000 0.290000 0.330000 0.070000 0.230000 0.010000 0.690000 0.727273 0.121212 0.030303 0.121212 0.920000 0.020000 0.020000 0.040000 0.040000 0.010000 0.010000 0.940000 0.050000 0.010000 0.000000 0.940000 0.959596 0.000000 0.010101 0.030303 0.797980 0.050505 0.020202 0.131313 0.070000 0.090000 0.050000 0.790000 0.350000 0.040000 0.470000 0.140000 0.240000 0.070000 0.560000 0.130000 0.188119 0.495050 0.079208 0.237624 0.188119 0.089109 0.138614 0.584158 0.360000 0.210000 0.180000 0.250000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0910.1 MOTIF MA0913.1 Hoxd9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 322 E= 0 0.232919 0.136646 0.602484 0.027950 0.047525 0.544554 0.023762 0.384158 0.631922 0.250814 0.117264 0.000000 0.836207 0.008621 0.133621 0.021552 0.058824 0.031674 0.031674 0.877828 0.502538 0.015228 0.000000 0.482234 0.910798 0.009390 0.000000 0.079812 0.932692 0.033654 0.000000 0.033654 0.638158 0.085526 0.131579 0.144737 0.425641 0.143590 0.097436 0.333333 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0913.1 MOTIF MA0824.1 ID4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 1500 E= 0 0.207333 0.189333 0.250667 0.352667 0.498473 0.056811 0.417838 0.026878 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.996678 0.000000 0.003322 0.000000 0.000000 0.923077 0.076923 0.000000 0.015753 0.945180 0.035287 0.003781 0.046408 0.000000 0.000000 0.953592 0.032136 0.022684 0.945180 0.000000 0.040694 0.337558 0.209473 0.412275 0.216144 0.403602 0.157438 0.222815 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0824.1 MOTIF MA1373.1 IDD2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 94 E= 0 0.297872 0.393617 0.021277 0.287234 0.680851 0.042553 0.265957 0.010638 0.085106 0.361702 0.351064 0.202128 0.606383 0.010638 0.021277 0.361702 0.925532 0.000000 0.000000 0.074468 0.723404 0.063830 0.180851 0.031915 0.968085 0.021277 0.010638 0.000000 0.255319 0.712766 0.031915 0.000000 0.021277 0.000000 0.978723 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.053191 0.946809 0.000000 0.000000 0.989362 0.000000 0.010638 0.000000 0.882979 0.117021 0.000000 0.000000 0.968085 0.000000 0.031915 0.000000 0.797872 0.074468 0.000000 0.127660 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1373.1 MOTIF MA1371.1 IDD4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 591 E= 0 0.360406 0.394247 0.071066 0.174281 0.725888 0.008460 0.236887 0.028765 0.096447 0.423012 0.409475 0.071066 0.727580 0.000000 0.023689 0.248731 0.862944 0.000000 0.000000 0.137056 0.795262 0.049069 0.131980 0.023689 0.895093 0.071066 0.027073 0.006768 0.314721 0.509306 0.131980 0.043993 0.027073 0.000000 0.972927 0.000000 0.981387 0.016920 0.000000 0.001692 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.989848 0.000000 0.010152 0.000000 0.983080 0.005076 0.011844 0.000000 0.925550 0.025381 0.038917 0.010152 0.758037 0.040609 0.059222 0.142132 0.522843 0.120135 0.103215 0.253807 0.446701 0.121827 0.103215 0.328257 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1371.1 MOTIF MA1370.1 IDD5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 160 E= 0 0.250000 0.112500 0.125000 0.512500 0.181250 0.025000 0.050000 0.743750 0.006250 0.043750 0.025000 0.925000 0.000000 0.012500 0.043750 0.943750 0.000000 0.018750 0.000000 0.981250 0.000000 0.000000 0.993750 0.006250 0.000000 0.006250 0.000000 0.993750 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.018750 0.087500 0.693750 0.200000 0.006250 0.031250 0.050000 0.912500 0.018750 0.156250 0.062500 0.762500 0.106250 0.025000 0.050000 0.818750 0.331250 0.037500 0.000000 0.631250 0.081250 0.356250 0.468750 0.093750 0.037500 0.275000 0.018750 0.668750 0.193750 0.087500 0.487500 0.231250 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1370.1 MOTIF MA1374.1 IDD7 letter-probability matrix: alength= 4 w= 18 nsites= 585 E= 0 0.324786 0.396581 0.075214 0.203419 0.673504 0.034188 0.261538 0.030769 0.162393 0.382906 0.336752 0.117949 0.683761 0.005128 0.061538 0.249573 0.835897 0.001709 0.000000 0.162393 0.724786 0.083761 0.150427 0.041026 0.902564 0.052991 0.039316 0.005128 0.232479 0.641026 0.097436 0.029060 0.003419 0.000000 0.996581 0.000000 0.982906 0.015385 0.000000 0.001709 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.981197 0.000000 0.018803 0.000000 0.984615 0.003419 0.010256 0.001709 0.923077 0.018803 0.049573 0.008547 0.753846 0.042735 0.066667 0.136752 0.500855 0.152137 0.112821 0.234188 0.456410 0.131624 0.105983 0.305983 0.417094 0.162393 0.184615 0.235897 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1374.1 MOTIF MA0320.1 IME1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 301 E= 0 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.791809 0.208191 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.677419 0.268817 0.053763 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.056738 0.000000 0.943262 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0320.1 MOTIF MA0321.1 INO2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 249 E= 0 0.072289 0.116466 0.795181 0.016064 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.933735 0.042169 0.000000 0.024096 0.000000 0.142857 0.000000 0.857143 0.026415 0.000000 0.973585 0.000000 0.048193 0.000000 0.066265 0.885542 0.000000 0.123636 0.876364 0.000000 0.783333 0.088889 0.127778 0.000000 0.812121 0.012121 0.030303 0.145455 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0321.1 MOTIF MA0322.1 INO4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 242 E= 0 0.119835 0.190083 0.669421 0.020661 0.000000 0.925490 0.000000 0.074510 0.816568 0.082840 0.000000 0.100592 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.037594 0.000000 0.962406 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.065891 0.000000 0.934109 0.000000 0.829545 0.039773 0.130682 0.000000 0.811429 0.040000 0.148571 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0322.1