MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF PH0073.1 Hoxc9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 101 E= 0 0.277228 0.207921 0.336634 0.178218 0.210000 0.120000 0.380000 0.290000 0.373737 0.222222 0.242424 0.161616 0.200000 0.060000 0.590000 0.150000 0.140000 0.050000 0.800000 0.010000 0.029703 0.198020 0.009901 0.762376 0.290000 0.690000 0.010000 0.010000 0.881188 0.009901 0.099010 0.009901 0.020000 0.010000 0.000000 0.970000 0.290000 0.010000 0.000000 0.700000 0.970297 0.009901 0.009901 0.009901 0.940594 0.019802 0.009901 0.029703 0.240000 0.300000 0.050000 0.410000 0.210000 0.270000 0.090000 0.430000 0.330000 0.090000 0.260000 0.320000 0.180000 0.200000 0.250000 0.370000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0073.1 MOTIF MA0485.1 Hoxc9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 885 E= 0 0.265537 0.124294 0.453107 0.157062 0.126554 0.193220 0.605650 0.074576 0.099435 0.683616 0.045198 0.171751 0.253107 0.528814 0.001130 0.216949 0.746893 0.003390 0.231638 0.018079 0.000000 0.010169 0.000000 0.989831 0.841808 0.094915 0.039548 0.023729 0.995480 0.000000 0.000000 0.004520 0.993220 0.006780 0.000000 0.000000 0.020339 0.000000 0.000000 0.979661 0.054237 0.807910 0.005650 0.132203 0.640678 0.081356 0.006780 0.271186 0.159322 0.371751 0.180791 0.288136 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0485.1 MOTIF PH0074.1 Hoxd1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 101 E= 0 0.386139 0.049505 0.108911 0.455446 0.460000 0.160000 0.280000 0.100000 0.405941 0.227723 0.128713 0.237624 0.400000 0.150000 0.400000 0.050000 0.040000 0.450000 0.210000 0.300000 0.010000 0.140000 0.000000 0.850000 0.920000 0.070000 0.010000 0.000000 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.010000 0.000000 0.000000 0.990000 0.000000 0.010000 0.070000 0.920000 0.850000 0.000000 0.140000 0.010000 0.300000 0.210000 0.450000 0.040000 0.040000 0.580000 0.100000 0.280000 0.070000 0.080000 0.190000 0.660000 0.220000 0.220000 0.320000 0.240000 0.232323 0.171717 0.272727 0.323232 0.320000 0.200000 0.180000 0.300000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0074.1 MOTIF PH0075.1 Hoxd10 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.410000 0.290000 0.220000 0.080000 0.400000 0.100000 0.330000 0.170000 0.050000 0.190000 0.340000 0.420000 0.240000 0.230000 0.320000 0.210000 0.030000 0.550000 0.010000 0.410000 0.710000 0.230000 0.020000 0.040000 0.838384 0.010101 0.020202 0.131313 0.009901 0.029703 0.009901 0.950495 0.818182 0.000000 0.000000 0.181818 0.959596 0.000000 0.000000 0.040404 0.920792 0.009901 0.009901 0.059406 0.841584 0.059406 0.069307 0.029703 0.191919 0.242424 0.050505 0.515152 0.270000 0.080000 0.240000 0.410000 0.336634 0.128713 0.188119 0.346535 0.410000 0.120000 0.190000 0.280000 0.280000 0.240000 0.160000 0.320000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0075.1 MOTIF PH0076.1 Hoxd11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.200000 0.300000 0.070000 0.430000 0.380000 0.240000 0.120000 0.260000 0.434343 0.151515 0.232323 0.181818 0.320000 0.190000 0.330000 0.160000 0.080000 0.060000 0.860000 0.000000 0.000000 0.020202 0.000000 0.979798 0.010000 0.980000 0.000000 0.010000 0.171717 0.000000 0.828283 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.840000 0.000000 0.000000 0.160000 0.989899 0.000000 0.000000 0.010101 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.630000 0.160000 0.020000 0.190000 0.280000 0.190000 0.120000 0.410000 0.230000 0.350000 0.150000 0.270000 0.250000 0.300000 0.170000 0.280000 0.178218 0.158416 0.198020 0.465347 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0076.1 MOTIF PH0077.1 Hoxd12 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.190000 0.350000 0.110000 0.350000 0.400000 0.200000 0.150000 0.250000 0.370000 0.190000 0.230000 0.210000 0.260000 0.260000 0.380000 0.100000 0.108911 0.069307 0.821782 0.000000 0.000000 0.020000 0.000000 0.980000 0.020000 0.970000 0.000000 0.010000 0.120000 0.000000 0.880000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.929293 0.000000 0.000000 0.070707 0.989899 0.000000 0.000000 0.010101 0.989899 0.000000 0.000000 0.010101 0.574257 0.148515 0.029703 0.247525 0.190000 0.210000 0.100000 0.500000 0.190000 0.370000 0.180000 0.260000 0.270000 0.200000 0.180000 0.350000 0.217822 0.138614 0.247525 0.396040 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0077.1 MOTIF PH0078.1 Hoxd13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.280000 0.320000 0.190000 0.210000 0.297030 0.178218 0.188119 0.336634 0.333333 0.202020 0.171717 0.292929 0.050000 0.540000 0.080000 0.330000 0.020000 0.650000 0.000000 0.330000 0.680000 0.120000 0.000000 0.200000 0.940000 0.000000 0.030000 0.030000 0.000000 0.010101 0.000000 0.989899 0.900000 0.000000 0.010000 0.090000 0.970000 0.000000 0.000000 0.030000 0.989899 0.000000 0.000000 0.010101 0.900000 0.040000 0.020000 0.040000 0.250000 0.290000 0.070000 0.390000 0.190000 0.300000 0.110000 0.400000 0.250000 0.340000 0.190000 0.220000 0.250000 0.250000 0.180000 0.320000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0078.1 MOTIF PH0079.1 Hoxd3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.190000 0.370000 0.050000 0.390000 0.190000 0.080000 0.080000 0.650000 0.140000 0.100000 0.600000 0.160000 0.366337 0.099010 0.326733 0.207921 0.237624 0.089109 0.435644 0.237624 0.140000 0.240000 0.290000 0.330000 0.010101 0.141414 0.000000 0.848485 0.878788 0.121212 0.000000 0.000000 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.010000 0.000000 0.010000 0.980000 0.000000 0.000000 0.121212 0.878788 0.848485 0.000000 0.141414 0.010101 0.373737 0.373737 0.141414 0.111111 0.237624 0.435644 0.089109 0.237624 0.118812 0.366337 0.306931 0.207921 0.090000 0.220000 0.210000 0.480000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0079.1 MOTIF MA0912.1 Hoxd3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.190000 0.370000 0.050000 0.390000 0.190000 0.080000 0.080000 0.650000 0.140000 0.100000 0.600000 0.160000 0.366337 0.099010 0.326733 0.207921 0.237624 0.089109 0.435644 0.237624 0.140000 0.240000 0.290000 0.330000 0.010101 0.141414 0.000000 0.848485 0.878788 0.121212 0.000000 0.000000 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.010000 0.000000 0.010000 0.980000 0.000000 0.000000 0.121212 0.878788 0.848485 0.000000 0.141414 0.010101 0.373737 0.373737 0.141414 0.111111 0.237624 0.435644 0.089109 0.237624 0.118812 0.366337 0.306931 0.207921 0.090000 0.220000 0.210000 0.480000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0912.1 MOTIF PH0080.1 Hoxd8 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.130000 0.120000 0.200000 0.550000 0.606061 0.121212 0.111111 0.161616 0.606061 0.080808 0.202020 0.111111 0.330000 0.050000 0.290000 0.330000 0.070000 0.230000 0.010000 0.690000 0.727273 0.121212 0.030303 0.121212 0.920000 0.020000 0.020000 0.040000 0.040000 0.010000 0.010000 0.940000 0.050000 0.010000 0.000000 0.940000 0.959596 0.000000 0.010101 0.030303 0.797980 0.050505 0.020202 0.131313 0.070000 0.090000 0.050000 0.790000 0.350000 0.040000 0.470000 0.140000 0.240000 0.070000 0.560000 0.130000 0.188119 0.495050 0.079208 0.237624 0.188119 0.089109 0.138614 0.584158 0.360000 0.210000 0.180000 0.250000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0080.1