MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF PH0063.1 Hoxb8 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 101 E= 0 0.396040 0.227723 0.089109 0.287129 0.170000 0.430000 0.300000 0.100000 0.178218 0.356436 0.198020 0.267327 0.230000 0.170000 0.340000 0.260000 0.110000 0.030000 0.820000 0.040000 0.010101 0.626263 0.000000 0.363636 0.780000 0.160000 0.020000 0.040000 0.970000 0.010000 0.010000 0.010000 0.020000 0.000000 0.000000 0.980000 0.190000 0.010000 0.000000 0.800000 0.960000 0.000000 0.010000 0.030000 0.790000 0.040000 0.020000 0.150000 0.100000 0.240000 0.070000 0.590000 0.600000 0.140000 0.130000 0.130000 0.404040 0.131313 0.323232 0.141414 0.454545 0.101010 0.121212 0.323232 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0063.1 MOTIF PH0064.1 Hoxb9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.370000 0.190000 0.370000 0.070000 0.360000 0.160000 0.410000 0.070000 0.580000 0.070000 0.310000 0.040000 0.100000 0.130000 0.650000 0.120000 0.020000 0.660000 0.010000 0.310000 0.420000 0.540000 0.010000 0.030000 0.949495 0.000000 0.050505 0.000000 0.010000 0.010000 0.000000 0.980000 0.730000 0.000000 0.000000 0.270000 0.960000 0.000000 0.000000 0.040000 0.979798 0.000000 0.000000 0.020202 0.870000 0.010000 0.030000 0.090000 0.336634 0.198020 0.079208 0.386139 0.200000 0.270000 0.100000 0.430000 0.227723 0.445545 0.148515 0.178218 0.250000 0.180000 0.360000 0.210000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0064.1 MOTIF PH0065.1 Hoxc10 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.240000 0.240000 0.130000 0.390000 0.390000 0.120000 0.240000 0.250000 0.430000 0.160000 0.180000 0.230000 0.340000 0.140000 0.290000 0.230000 0.080000 0.060000 0.860000 0.000000 0.000000 0.040000 0.000000 0.960000 0.020000 0.980000 0.000000 0.000000 0.300000 0.000000 0.700000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.858586 0.000000 0.000000 0.141414 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.495050 0.128713 0.148515 0.227723 0.220000 0.330000 0.150000 0.300000 0.207921 0.257426 0.287129 0.247525 0.140000 0.150000 0.300000 0.410000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0065.1 MOTIF PH0066.1 Hoxc11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.230000 0.250000 0.140000 0.380000 0.524752 0.118812 0.198020 0.158416 0.520000 0.130000 0.130000 0.220000 0.380000 0.140000 0.270000 0.210000 0.080000 0.040000 0.880000 0.000000 0.000000 0.030000 0.000000 0.970000 0.010000 0.980000 0.000000 0.010000 0.232323 0.000000 0.767677 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.860000 0.000000 0.000000 0.140000 0.980000 0.000000 0.000000 0.020000 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.540000 0.130000 0.110000 0.220000 0.220000 0.270000 0.190000 0.320000 0.350000 0.170000 0.260000 0.220000 0.200000 0.120000 0.350000 0.330000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0066.1 MOTIF PH0067.1 Hoxc12 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.180000 0.260000 0.110000 0.450000 0.290000 0.200000 0.120000 0.390000 0.414141 0.121212 0.383838 0.080808 0.198020 0.188119 0.524752 0.089109 0.151515 0.040404 0.808081 0.000000 0.000000 0.030000 0.000000 0.970000 0.040000 0.940000 0.000000 0.020000 0.130000 0.000000 0.870000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.920000 0.010000 0.000000 0.070000 0.979798 0.000000 0.000000 0.020202 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.500000 0.140000 0.030000 0.330000 0.340000 0.240000 0.070000 0.350000 0.180000 0.250000 0.190000 0.380000 0.306931 0.138614 0.237624 0.316832 0.188119 0.425743 0.168317 0.217822 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0067.1 MOTIF PH0068.1 Hoxc13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 101 E= 0 0.326733 0.217822 0.128713 0.326733 0.360000 0.210000 0.160000 0.270000 0.424242 0.151515 0.151515 0.272727 0.110000 0.230000 0.370000 0.290000 0.030000 0.840000 0.130000 0.000000 0.000000 0.030303 0.000000 0.969697 0.020000 0.890000 0.000000 0.090000 0.390000 0.000000 0.600000 0.010000 0.000000 0.020000 0.000000 0.980000 0.900000 0.000000 0.000000 0.100000 0.960000 0.000000 0.000000 0.040000 0.989899 0.000000 0.000000 0.010101 0.650000 0.080000 0.050000 0.220000 0.300000 0.140000 0.090000 0.470000 0.158416 0.227723 0.158416 0.455446 0.330000 0.090000 0.240000 0.340000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0068.1 MOTIF PH0069.1 Hoxc4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.140000 0.690000 0.100000 0.070000 0.220000 0.200000 0.430000 0.150000 0.360000 0.350000 0.130000 0.160000 0.440000 0.140000 0.260000 0.160000 0.108911 0.079208 0.059406 0.752475 0.020000 0.060000 0.000000 0.920000 0.959596 0.040404 0.000000 0.000000 0.989899 0.000000 0.000000 0.010101 0.010101 0.000000 0.000000 0.989899 0.000000 0.000000 0.040404 0.959596 0.920000 0.000000 0.060000 0.020000 0.752475 0.059406 0.079208 0.108911 0.111111 0.363636 0.222222 0.303030 0.350000 0.200000 0.180000 0.270000 0.524752 0.237624 0.148515 0.089109 0.262626 0.242424 0.161616 0.333333 0.297030 0.257426 0.198020 0.247525 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0069.1 MOTIF PH0070.1 Hoxc5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 101 E= 0 0.128713 0.613861 0.168317 0.089109 0.180000 0.210000 0.460000 0.150000 0.460000 0.340000 0.090000 0.110000 0.510000 0.090000 0.320000 0.080000 0.080000 0.240000 0.130000 0.550000 0.020000 0.100000 0.000000 0.880000 0.940000 0.050000 0.000000 0.010000 0.970000 0.000000 0.010000 0.020000 0.020000 0.010000 0.000000 0.970000 0.010000 0.000000 0.050000 0.940000 0.880000 0.000000 0.100000 0.020000 0.550000 0.130000 0.240000 0.080000 0.100000 0.220000 0.100000 0.580000 0.343434 0.171717 0.131313 0.353535 0.673267 0.148515 0.099010 0.079208 0.230000 0.290000 0.190000 0.290000 0.247525 0.217822 0.198020 0.336634 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0070.1 MOTIF PH0071.1 Hoxc6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.140000 0.450000 0.160000 0.250000 0.460000 0.110000 0.310000 0.120000 0.475248 0.168317 0.128713 0.227723 0.430000 0.220000 0.280000 0.070000 0.100000 0.040000 0.400000 0.460000 0.029703 0.089109 0.009901 0.871287 0.910000 0.020000 0.010000 0.060000 0.960000 0.010000 0.010000 0.020000 0.020000 0.010000 0.010000 0.960000 0.060000 0.010000 0.020000 0.910000 0.871287 0.009901 0.089109 0.029703 0.460000 0.400000 0.040000 0.100000 0.120000 0.220000 0.240000 0.420000 0.383838 0.090909 0.161616 0.363636 0.460000 0.160000 0.230000 0.150000 0.320000 0.270000 0.210000 0.200000 0.320000 0.180000 0.230000 0.270000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0071.1 MOTIF PH0072.1 Hoxc8 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 99 E= 0 0.212121 0.222222 0.242424 0.323232 0.280000 0.190000 0.090000 0.440000 0.240000 0.100000 0.410000 0.250000 0.316832 0.099010 0.356436 0.227723 0.290000 0.170000 0.370000 0.170000 0.130000 0.070000 0.560000 0.240000 0.010000 0.080000 0.000000 0.910000 0.910000 0.050000 0.000000 0.040000 0.979798 0.010101 0.000000 0.010101 0.010101 0.000000 0.010101 0.979798 0.040000 0.000000 0.050000 0.910000 0.910000 0.000000 0.080000 0.010000 0.350000 0.330000 0.040000 0.280000 0.170000 0.370000 0.170000 0.290000 0.207921 0.099010 0.415842 0.277228 0.089109 0.158416 0.168317 0.584158 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0072.1