MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF PH0055.1 Hoxa7_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.050000 0.230000 0.470000 0.250000 0.130000 0.230000 0.250000 0.390000 0.515152 0.313131 0.131313 0.040404 0.070000 0.110000 0.500000 0.320000 0.060606 0.050505 0.000000 0.888889 0.930000 0.040000 0.010000 0.020000 0.970000 0.010000 0.010000 0.010000 0.010000 0.010000 0.010000 0.970000 0.020000 0.010000 0.040000 0.930000 0.888889 0.000000 0.050505 0.060606 0.470000 0.250000 0.180000 0.100000 0.040404 0.131313 0.313131 0.515152 0.220000 0.180000 0.450000 0.150000 0.150000 0.170000 0.530000 0.150000 0.366337 0.297030 0.099010 0.237624 0.400000 0.330000 0.190000 0.080000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0055.1 MOTIF PH0056.1 Hoxa9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 101 E= 0 0.386139 0.118812 0.336634 0.158416 0.212121 0.505051 0.202020 0.080808 0.230000 0.070000 0.560000 0.140000 0.089109 0.158416 0.653465 0.099010 0.090000 0.600000 0.010000 0.300000 0.240000 0.630000 0.020000 0.110000 0.888889 0.000000 0.101010 0.010101 0.020202 0.000000 0.000000 0.979798 0.630000 0.010000 0.000000 0.360000 0.959596 0.000000 0.000000 0.040404 0.930000 0.010000 0.010000 0.050000 0.760000 0.020000 0.030000 0.190000 0.323232 0.161616 0.060606 0.454545 0.170000 0.130000 0.170000 0.530000 0.510000 0.130000 0.150000 0.210000 0.380000 0.090000 0.280000 0.250000 0.380000 0.080000 0.110000 0.430000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0056.1 MOTIF MA0594.1 Hoxa9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 172 E= 0 0.197674 0.308140 0.470930 0.023256 0.069767 0.639535 0.029070 0.261628 0.220930 0.680233 0.000000 0.098837 0.936047 0.017442 0.046512 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.587209 0.337209 0.046512 0.029070 0.912791 0.034884 0.000000 0.052326 0.994186 0.005814 0.000000 0.000000 0.029070 0.000000 0.005814 0.965116 0.040698 0.895349 0.000000 0.063953 0.761628 0.063953 0.000000 0.174419 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0594.1 MOTIF PH0057.1 Hoxb13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.380000 0.270000 0.200000 0.150000 0.480000 0.120000 0.270000 0.130000 0.300000 0.330000 0.180000 0.190000 0.050000 0.770000 0.090000 0.090000 0.019802 0.663366 0.009901 0.306931 0.760000 0.120000 0.000000 0.120000 0.920000 0.000000 0.050000 0.030000 0.000000 0.030000 0.000000 0.970000 0.830000 0.000000 0.010000 0.160000 0.930000 0.000000 0.000000 0.070000 0.970000 0.010000 0.000000 0.020000 0.840000 0.070000 0.060000 0.030000 0.370000 0.140000 0.090000 0.400000 0.262626 0.212121 0.121212 0.404040 0.217822 0.346535 0.108911 0.326733 0.220000 0.300000 0.330000 0.150000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0057.1 MOTIF PH0058.1 Hoxb3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.380000 0.050000 0.050000 0.520000 0.290000 0.130000 0.520000 0.060000 0.550000 0.200000 0.130000 0.120000 0.260000 0.270000 0.320000 0.150000 0.080000 0.570000 0.200000 0.150000 0.010000 0.110000 0.000000 0.880000 0.740000 0.260000 0.000000 0.000000 0.989899 0.000000 0.000000 0.010101 0.010101 0.000000 0.000000 0.989899 0.000000 0.000000 0.260000 0.740000 0.880000 0.000000 0.110000 0.010000 0.150000 0.200000 0.570000 0.080000 0.050000 0.340000 0.120000 0.490000 0.190000 0.150000 0.300000 0.360000 0.323232 0.232323 0.383838 0.060606 0.306931 0.118812 0.396040 0.178218 0.405941 0.138614 0.198020 0.257426 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0058.1 MOTIF PH0059.1 Hoxb4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.150000 0.590000 0.170000 0.090000 0.247525 0.217822 0.316832 0.217822 0.310000 0.320000 0.160000 0.210000 0.343434 0.121212 0.414141 0.121212 0.080808 0.171717 0.060606 0.686869 0.019802 0.099010 0.000000 0.881188 0.940000 0.060000 0.000000 0.000000 0.989899 0.000000 0.000000 0.010101 0.010101 0.000000 0.000000 0.989899 0.000000 0.000000 0.060000 0.940000 0.881188 0.000000 0.099010 0.019802 0.686869 0.060606 0.171717 0.080808 0.100000 0.220000 0.170000 0.510000 0.320000 0.180000 0.130000 0.370000 0.520000 0.200000 0.180000 0.100000 0.300000 0.320000 0.090000 0.290000 0.160000 0.400000 0.160000 0.280000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0059.1 MOTIF PH0060.1 Hoxb5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.520000 0.230000 0.140000 0.110000 0.270000 0.350000 0.190000 0.190000 0.168317 0.089109 0.643564 0.099010 0.120000 0.150000 0.380000 0.350000 0.010000 0.070000 0.000000 0.920000 0.909091 0.090909 0.000000 0.000000 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.010000 0.000000 0.010000 0.980000 0.000000 0.000000 0.090909 0.909091 0.920000 0.000000 0.070000 0.010000 0.190000 0.290000 0.410000 0.110000 0.099010 0.643564 0.089109 0.168317 0.282828 0.252525 0.101010 0.363636 0.280000 0.440000 0.110000 0.170000 0.673267 0.049505 0.138614 0.138614 0.220000 0.160000 0.140000 0.480000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0060.1 MOTIF MA0904.1 Hoxb5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.520000 0.230000 0.140000 0.110000 0.270000 0.350000 0.190000 0.190000 0.168317 0.089109 0.643564 0.099010 0.120000 0.150000 0.380000 0.350000 0.010000 0.070000 0.000000 0.920000 0.909091 0.090909 0.000000 0.000000 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.010000 0.000000 0.010000 0.980000 0.000000 0.000000 0.090909 0.909091 0.920000 0.000000 0.070000 0.010000 0.190000 0.290000 0.410000 0.110000 0.099010 0.643564 0.089109 0.168317 0.282828 0.252525 0.101010 0.363636 0.280000 0.440000 0.110000 0.170000 0.673267 0.049505 0.138614 0.138614 0.220000 0.160000 0.140000 0.480000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0904.1 MOTIF PH0061.1 Hoxb6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 101 E= 0 0.287129 0.138614 0.059406 0.514851 0.544554 0.099010 0.079208 0.277228 0.180000 0.040000 0.180000 0.600000 0.178218 0.099010 0.346535 0.376238 0.170000 0.300000 0.330000 0.200000 0.070707 0.111111 0.676768 0.141414 0.020000 0.200000 0.020000 0.760000 0.830000 0.120000 0.020000 0.030000 0.959596 0.010101 0.010101 0.020202 0.020202 0.010101 0.010101 0.959596 0.030000 0.020000 0.120000 0.830000 0.760000 0.020000 0.200000 0.020000 0.110000 0.740000 0.060000 0.090000 0.200000 0.330000 0.300000 0.170000 0.260000 0.130000 0.290000 0.320000 0.180000 0.250000 0.240000 0.330000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0061.1 MOTIF PH0062.1 Hoxb7 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.100000 0.290000 0.450000 0.160000 0.158416 0.237624 0.207921 0.396040 0.640000 0.210000 0.090000 0.060000 0.090909 0.222222 0.393939 0.292929 0.030000 0.060000 0.000000 0.910000 0.930000 0.040000 0.000000 0.030000 0.960000 0.010000 0.000000 0.030000 0.030000 0.000000 0.010000 0.960000 0.030000 0.000000 0.040000 0.930000 0.910000 0.000000 0.060000 0.030000 0.400000 0.310000 0.170000 0.120000 0.060000 0.090000 0.210000 0.640000 0.100000 0.090000 0.560000 0.250000 0.210000 0.310000 0.250000 0.230000 0.310000 0.250000 0.150000 0.290000 0.450000 0.130000 0.290000 0.130000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0062.1