MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0911.1 Hoxa11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 704 E= 0 0.252841 0.153409 0.436080 0.157670 0.235294 0.202703 0.559618 0.002385 0.001335 0.037383 0.021362 0.939920 0.038961 0.914286 0.000000 0.046753 0.259605 0.002077 0.731049 0.007269 0.019391 0.001385 0.004155 0.975069 0.679167 0.004167 0.018056 0.298611 0.955224 0.000000 0.002714 0.042062 0.909561 0.034884 0.003876 0.051680 0.598131 0.135089 0.099405 0.167375 0.254261 0.232955 0.213068 0.299716 0.197443 0.156250 0.159091 0.487216 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0911.1 MOTIF PH0048.1 Hoxa13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 99 E= 0 0.353535 0.171717 0.161616 0.313131 0.320000 0.190000 0.200000 0.290000 0.370000 0.200000 0.180000 0.250000 0.148515 0.297030 0.297030 0.257426 0.020000 0.930000 0.050000 0.000000 0.000000 0.030000 0.000000 0.970000 0.010000 0.940000 0.000000 0.050000 0.200000 0.000000 0.800000 0.000000 0.000000 0.010000 0.000000 0.990000 0.930000 0.000000 0.000000 0.070000 0.970000 0.000000 0.000000 0.030000 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.620000 0.120000 0.050000 0.210000 0.300000 0.130000 0.090000 0.480000 0.180000 0.230000 0.230000 0.360000 0.232323 0.131313 0.222222 0.414141 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0048.1 MOTIF PH0049.1 Hoxa2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.590000 0.080000 0.240000 0.090000 0.330000 0.320000 0.220000 0.130000 0.190000 0.080000 0.620000 0.110000 0.090000 0.210000 0.520000 0.180000 0.010000 0.060000 0.000000 0.930000 0.900000 0.090000 0.010000 0.000000 0.989899 0.010101 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.010101 0.989899 0.000000 0.010000 0.090000 0.900000 0.930000 0.000000 0.060000 0.010000 0.158416 0.297030 0.445545 0.099010 0.110000 0.620000 0.080000 0.190000 0.220000 0.280000 0.080000 0.420000 0.260000 0.440000 0.090000 0.210000 0.730000 0.040000 0.090000 0.140000 0.277228 0.168317 0.267327 0.287129 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0049.1 MOTIF PH0050.1 Hoxa3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 100 E= 0 0.180000 0.110000 0.210000 0.500000 0.161616 0.292929 0.191919 0.353535 0.190000 0.190000 0.500000 0.120000 0.390000 0.300000 0.150000 0.160000 0.300000 0.100000 0.530000 0.070000 0.070707 0.303030 0.343434 0.282828 0.000000 0.111111 0.000000 0.888889 0.900000 0.100000 0.000000 0.000000 0.990000 0.010000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.050505 0.949495 0.970000 0.000000 0.020000 0.010000 0.350000 0.160000 0.460000 0.030000 0.050505 0.353535 0.121212 0.474747 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0050.1 MOTIF PB0031.1 Hoxa3_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 99 E= 0 0.232323 0.191919 0.232323 0.343434 0.130000 0.240000 0.320000 0.310000 0.120000 0.180000 0.540000 0.160000 0.425743 0.207921 0.128713 0.237624 0.210000 0.100000 0.550000 0.140000 0.120000 0.290000 0.340000 0.250000 0.010000 0.050000 0.000000 0.940000 0.940000 0.060000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.050000 0.950000 0.960000 0.000000 0.040000 0.000000 0.430000 0.190000 0.330000 0.050000 0.111111 0.464646 0.161616 0.262626 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0031.1 MOTIF PB0135.1 Hoxa3_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 100 E= 0 0.570000 0.140000 0.160000 0.130000 0.515152 0.212121 0.070707 0.202020 0.550000 0.050000 0.270000 0.130000 0.590000 0.150000 0.060000 0.200000 0.320000 0.180000 0.190000 0.310000 0.148515 0.742574 0.099010 0.009901 0.019802 0.336634 0.316832 0.326733 0.860000 0.070000 0.040000 0.030000 0.049505 0.019802 0.019802 0.910891 0.090000 0.080000 0.010000 0.820000 0.868687 0.020202 0.020202 0.090909 0.484848 0.050505 0.323232 0.141414 0.150000 0.280000 0.420000 0.150000 0.262626 0.141414 0.484848 0.111111 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0135.1 MOTIF PH0051.1 Hoxa4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.230000 0.170000 0.380000 0.220000 0.390000 0.100000 0.310000 0.200000 0.080000 0.200000 0.070000 0.650000 0.210000 0.230000 0.100000 0.460000 0.554455 0.128713 0.267327 0.049505 0.168317 0.108911 0.049505 0.673267 0.010000 0.080000 0.000000 0.910000 0.940000 0.060000 0.000000 0.000000 0.980000 0.000000 0.010000 0.010000 0.010000 0.010000 0.000000 0.980000 0.000000 0.000000 0.060000 0.940000 0.910000 0.000000 0.080000 0.010000 0.673267 0.049505 0.108911 0.168317 0.090000 0.560000 0.120000 0.230000 0.120000 0.090000 0.350000 0.440000 0.100000 0.270000 0.260000 0.370000 0.121212 0.161616 0.535354 0.181818 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0051.1 MOTIF PH0052.1 Hoxa5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.660000 0.120000 0.150000 0.070000 0.330000 0.390000 0.150000 0.130000 0.210000 0.110000 0.530000 0.150000 0.080000 0.190000 0.450000 0.280000 0.010000 0.090000 0.000000 0.900000 0.909091 0.090909 0.000000 0.000000 0.989899 0.010101 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.010101 0.989899 0.000000 0.000000 0.090909 0.909091 0.900000 0.000000 0.090000 0.010000 0.210000 0.310000 0.410000 0.070000 0.150000 0.530000 0.110000 0.210000 0.290000 0.200000 0.070000 0.440000 0.267327 0.405941 0.099010 0.227723 0.520000 0.070000 0.190000 0.220000 0.270000 0.140000 0.360000 0.230000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0052.1 MOTIF PH0053.1 Hoxa6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.580000 0.150000 0.200000 0.070000 0.430000 0.350000 0.090000 0.130000 0.200000 0.100000 0.590000 0.110000 0.190000 0.050000 0.480000 0.280000 0.010000 0.090000 0.000000 0.900000 0.950000 0.040000 0.000000 0.010000 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.010000 0.000000 0.010000 0.980000 0.010000 0.000000 0.040000 0.950000 0.900000 0.000000 0.090000 0.010000 0.150000 0.680000 0.090000 0.080000 0.110000 0.590000 0.100000 0.200000 0.232323 0.272727 0.060606 0.434343 0.333333 0.323232 0.121212 0.222222 0.600000 0.080000 0.080000 0.240000 0.217822 0.168317 0.277228 0.336634 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0053.1 MOTIF PH0054.1 Hoxa7_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.190000 0.450000 0.250000 0.110000 0.220000 0.210000 0.480000 0.090000 0.366337 0.356436 0.128713 0.148515 0.260000 0.200000 0.300000 0.240000 0.151515 0.101010 0.242424 0.505051 0.070000 0.110000 0.000000 0.820000 0.900000 0.040000 0.010000 0.050000 0.949495 0.000000 0.010101 0.040404 0.040404 0.010101 0.000000 0.949495 0.050000 0.010000 0.040000 0.900000 0.820000 0.000000 0.110000 0.070000 0.505051 0.242424 0.101010 0.151515 0.140000 0.190000 0.130000 0.540000 0.343434 0.161616 0.222222 0.272727 0.360000 0.190000 0.210000 0.240000 0.207921 0.237624 0.306931 0.247525 0.190000 0.550000 0.120000 0.140000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0054.1