MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0898.1 Hmx3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.490000 0.210000 0.210000 0.090000 0.121212 0.494949 0.252525 0.131313 0.480000 0.230000 0.190000 0.100000 0.760000 0.070000 0.110000 0.060000 0.151515 0.101010 0.595960 0.151515 0.020000 0.940000 0.000000 0.040000 0.831683 0.000000 0.158416 0.009901 0.870000 0.120000 0.000000 0.010000 0.010000 0.000000 0.000000 0.990000 0.010101 0.040404 0.000000 0.949495 0.929293 0.000000 0.020202 0.050505 0.878788 0.020202 0.030303 0.070707 0.386139 0.148515 0.118812 0.346535 0.260000 0.180000 0.380000 0.180000 0.470000 0.210000 0.260000 0.060000 0.520000 0.110000 0.180000 0.190000 0.130000 0.100000 0.130000 0.640000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0898.1 MOTIF PH0168.1 Hnf1b letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 99 E= 0 0.313131 0.141414 0.262626 0.282828 0.160000 0.180000 0.370000 0.290000 0.140000 0.400000 0.140000 0.320000 0.171717 0.191919 0.292929 0.343434 0.060000 0.050000 0.840000 0.050000 0.060000 0.030000 0.020000 0.890000 0.010000 0.010000 0.000000 0.980000 0.969697 0.000000 0.000000 0.030303 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.010000 0.950000 0.010000 0.030000 0.010000 0.150000 0.020000 0.820000 0.900000 0.010000 0.030000 0.060000 0.280000 0.130000 0.560000 0.030000 0.161616 0.363636 0.212121 0.262626 0.220000 0.340000 0.120000 0.320000 0.050000 0.320000 0.380000 0.250000 0.151515 0.161616 0.151515 0.535354 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0168.1 MOTIF MA0114.3 Hnf4a letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 6216 E= 0 0.300837 0.094434 0.529601 0.075129 0.312909 0.004432 0.681696 0.000963 0.001161 0.000000 0.998646 0.000193 0.034602 0.002296 0.846507 0.116596 0.024916 0.011111 0.094949 0.869024 0.000189 0.975803 0.000945 0.023062 0.969754 0.000376 0.029870 0.000000 0.984739 0.000000 0.013163 0.002098 0.990027 0.000000 0.009973 0.000000 0.000000 0.000194 0.999226 0.000581 0.000000 0.000966 0.001353 0.997681 0.020207 0.808584 0.020520 0.150689 0.000000 0.963599 0.000747 0.035654 0.835115 0.006565 0.132996 0.025324 0.416118 0.214839 0.217164 0.151879 0.197366 0.206082 0.175479 0.421073 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0114.3 MOTIF PB0030.1 Hnf4a_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 99 E= 0 0.222222 0.282828 0.252525 0.242424 0.200000 0.190000 0.270000 0.340000 0.150000 0.320000 0.210000 0.320000 0.272727 0.303030 0.242424 0.181818 0.440000 0.330000 0.020000 0.210000 0.130000 0.030000 0.830000 0.010000 0.141414 0.000000 0.858586 0.000000 0.000000 0.000000 0.990000 0.010000 0.000000 0.000000 0.888889 0.111111 0.000000 0.000000 0.020000 0.980000 0.000000 0.980000 0.000000 0.020000 0.880000 0.090000 0.030000 0.000000 0.732673 0.108911 0.079208 0.079208 0.160000 0.320000 0.180000 0.340000 0.227723 0.178218 0.158416 0.435644 0.230000 0.190000 0.330000 0.250000 0.320000 0.310000 0.200000 0.170000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0030.1 MOTIF PB0134.1 Hnf4a_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.130000 0.170000 0.350000 0.350000 0.111111 0.141414 0.373737 0.373737 0.200000 0.410000 0.160000 0.230000 0.310000 0.310000 0.120000 0.260000 0.900000 0.010000 0.040000 0.050000 0.780000 0.020000 0.170000 0.030000 0.959596 0.000000 0.040404 0.000000 0.000000 0.000000 0.990000 0.010000 0.000000 0.000000 0.010101 0.989899 0.020000 0.970000 0.000000 0.010000 0.000000 0.989899 0.000000 0.010101 0.890000 0.000000 0.100000 0.010000 0.510000 0.310000 0.070000 0.110000 0.180000 0.120000 0.130000 0.570000 0.287129 0.277228 0.168317 0.267327 0.320000 0.230000 0.130000 0.320000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0134.1 MOTIF MF0010.1 Homeobox class letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 99 E= 0 0.752100 0.081600 0.064400 0.101900 0.601060 0.034303 0.142914 0.221722 0.052495 0.046495 0.034397 0.866613 0.652200 0.022700 0.211900 0.113200 0.808300 0.018600 0.108200 0.064900 0.079100 0.009800 0.071700 0.839400 0.127000 0.079100 0.080400 0.713500 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MF0010.1 MOTIF PH0044.1 Homez letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.590000 0.060000 0.170000 0.180000 0.343434 0.171717 0.141414 0.343434 0.500000 0.110000 0.090000 0.300000 0.460000 0.130000 0.030000 0.380000 0.340000 0.420000 0.170000 0.070000 0.878788 0.030303 0.000000 0.090909 0.010000 0.010000 0.010000 0.970000 0.040000 0.950000 0.000000 0.010000 0.010000 0.010000 0.970000 0.010000 0.210000 0.010000 0.020000 0.760000 0.040000 0.020000 0.030000 0.910000 0.160000 0.030000 0.020000 0.790000 0.138614 0.138614 0.118812 0.603960 0.130000 0.230000 0.180000 0.460000 0.525253 0.191919 0.050505 0.232323 0.373737 0.050505 0.292929 0.282828 0.267327 0.168317 0.306931 0.257426 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0044.1 MOTIF PH0045.1 Hoxa1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 101 E= 0 0.188119 0.415842 0.188119 0.207921 0.140000 0.150000 0.060000 0.650000 0.267327 0.128713 0.465347 0.138614 0.620000 0.100000 0.150000 0.130000 0.267327 0.079208 0.603960 0.049505 0.080000 0.530000 0.220000 0.170000 0.009901 0.029703 0.000000 0.960396 0.960000 0.030000 0.010000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.010000 0.000000 0.000000 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.990000 0.960000 0.000000 0.040000 0.000000 0.280000 0.480000 0.170000 0.070000 0.140000 0.450000 0.140000 0.270000 0.110000 0.170000 0.410000 0.310000 0.060000 0.300000 0.180000 0.460000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0045.1 MOTIF PH0046.1 Hoxa10 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 99 E= 0 0.252525 0.080808 0.292929 0.373737 0.420000 0.290000 0.130000 0.160000 0.120000 0.210000 0.450000 0.220000 0.171717 0.080808 0.707071 0.040404 0.069307 0.316832 0.009901 0.603960 0.717172 0.272727 0.000000 0.010101 0.881188 0.009901 0.079208 0.029703 0.029703 0.009901 0.000000 0.960396 0.700000 0.010000 0.010000 0.280000 0.910000 0.000000 0.010000 0.080000 0.880000 0.020000 0.010000 0.090000 0.690000 0.060000 0.050000 0.200000 0.240000 0.160000 0.070000 0.530000 0.180000 0.080000 0.300000 0.440000 0.280000 0.390000 0.090000 0.240000 0.520000 0.080000 0.100000 0.300000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0046.1 MOTIF PH0047.1 Hoxa11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.250000 0.210000 0.140000 0.400000 0.490000 0.120000 0.200000 0.190000 0.540000 0.150000 0.140000 0.170000 0.430000 0.100000 0.270000 0.200000 0.100000 0.050000 0.850000 0.000000 0.000000 0.020000 0.000000 0.980000 0.020000 0.970000 0.000000 0.010000 0.260000 0.000000 0.740000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.838384 0.000000 0.000000 0.161616 0.989899 0.000000 0.000000 0.010101 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.600000 0.090000 0.090000 0.220000 0.212121 0.404040 0.111111 0.272727 0.290000 0.220000 0.250000 0.240000 0.150000 0.150000 0.310000 0.390000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0047.1