MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0905.1 HOXC10 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 5765 E= 0 0.259324 0.181093 0.556982 0.002602 0.007467 0.070362 0.000000 0.922171 0.085366 0.870190 0.003252 0.041192 0.448716 0.001021 0.546181 0.004082 0.008338 0.000000 0.000000 0.991662 0.672152 0.001552 0.001242 0.325054 0.966877 0.000903 0.001506 0.030714 0.901966 0.021348 0.024157 0.052528 0.598732 0.102741 0.099198 0.199329 0.307597 0.211395 0.141034 0.339975 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0905.1 MOTIF MA0651.1 HOXC11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 2459 E= 0 0.277755 0.105734 0.451403 0.165108 0.261372 0.120382 0.618246 0.000000 0.014838 0.016009 0.008590 0.960562 0.021698 0.936429 0.004568 0.037305 0.187851 0.000000 0.812149 0.000000 0.004854 0.000000 0.000000 0.995146 0.716178 0.002409 0.010036 0.271377 0.983213 0.000000 0.000000 0.016787 0.967742 0.016916 0.006688 0.008655 0.623416 0.109225 0.070705 0.196655 0.287398 0.255285 0.156098 0.301220 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0651.1 MOTIF MA0906.1 HOXC12 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 4298 E= 0 0.337366 0.060261 0.505351 0.097022 0.201085 0.112991 0.685764 0.000160 0.002513 0.015532 0.000457 0.981498 0.042603 0.919931 0.002569 0.034896 0.080428 0.000428 0.919144 0.000000 0.000000 0.000465 0.000233 0.999302 0.882522 0.002875 0.001027 0.113576 0.993756 0.000000 0.000463 0.005782 0.990320 0.002996 0.000000 0.006684 0.751618 0.111247 0.047053 0.090082 0.335583 0.265069 0.086572 0.312776 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0906.1 MOTIF MA0907.1 HOXC13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 1257 E= 0 0.131265 0.229117 0.393795 0.245823 0.032070 0.916181 0.042274 0.009475 0.003108 0.016317 0.003885 0.976690 0.018246 0.882105 0.007018 0.092632 0.165567 0.002639 0.829156 0.002639 0.000000 0.000000 0.003962 0.996038 0.882105 0.000702 0.001404 0.115789 0.988985 0.003147 0.001574 0.006294 0.999205 0.000000 0.000000 0.000795 0.729118 0.100348 0.051624 0.118910 0.309713 0.285032 0.117038 0.288217 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0907.1 MOTIF MA0908.1 HOXD11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 412 E= 0 0.310680 0.131068 0.558252 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.059480 0.855019 0.000000 0.085502 0.228188 0.000000 0.771812 0.000000 0.033613 0.000000 0.000000 0.966387 0.757576 0.000000 0.000000 0.242424 0.987124 0.000000 0.000000 0.012876 0.954357 0.016598 0.000000 0.029046 0.642458 0.081006 0.078212 0.198324 0.380952 0.220779 0.099567 0.298701 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0908.1 MOTIF MA0873.1 HOXD12 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 1367 E= 0 0.460132 0.113387 0.384053 0.042429 0.215460 0.171924 0.607286 0.005331 0.000702 0.034386 0.005614 0.959298 0.002182 0.994182 0.003636 0.000000 0.131345 0.001269 0.867386 0.000000 0.000726 0.007257 0.000000 0.992017 0.859208 0.000000 0.001257 0.139535 0.997810 0.000000 0.002190 0.000000 0.964714 0.000000 0.004234 0.031052 0.713093 0.096505 0.025039 0.165363 0.393275 0.352339 0.056287 0.198099 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0873.1 MOTIF MA0909.1 HOXD13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 1087 E= 0 0.045998 0.632935 0.270469 0.050598 0.017045 0.572443 0.005682 0.404830 0.609389 0.307352 0.000000 0.083260 0.924731 0.000000 0.036290 0.038978 0.000000 0.001451 0.000000 0.998549 0.862155 0.000000 0.000000 0.137845 0.989928 0.004317 0.000000 0.005755 0.998549 0.001451 0.000000 0.000000 0.806565 0.087925 0.039859 0.065651 0.353198 0.300872 0.106105 0.239826 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0909.1 MOTIF MA0319.1 HSF1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 101 E= 0 0.683168 0.128713 0.128713 0.059406 0.019802 0.019802 0.019802 0.940594 0.190000 0.000000 0.810000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.060000 0.560000 0.190000 0.190000 0.484848 0.111111 0.232323 0.171717 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0319.1 MOTIF MA0486.1 HSF1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 225 E= 0 0.111111 0.364444 0.248889 0.275556 0.035556 0.115556 0.053333 0.795556 0.013333 0.048889 0.035556 0.902222 0.004444 0.986667 0.008889 0.000000 0.017778 0.315556 0.026667 0.640000 0.568889 0.031111 0.395556 0.004444 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.831111 0.106667 0.013333 0.048889 0.826667 0.026667 0.066667 0.080000 0.195556 0.280000 0.324444 0.200000 0.173333 0.275556 0.297778 0.253333 0.057778 0.071111 0.040000 0.831111 0.035556 0.022222 0.017778 0.924444 0.000000 0.968889 0.008889 0.022222 0.026667 0.391111 0.080000 0.502222 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0486.1 MOTIF MA0486.2 HSF1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 1562 E= 0 0.040973 0.011524 0.016005 0.931498 0.007397 0.002690 0.011432 0.978480 0.006089 0.984438 0.006089 0.003383 0.001944 0.175413 0.115646 0.706997 0.642101 0.187114 0.169462 0.001324 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.988451 0.005435 0.001359 0.004755 0.976510 0.002685 0.002685 0.018121 0.048044 0.489362 0.109128 0.353466 0.336770 0.130584 0.406873 0.125773 0.016835 0.003367 0.000000 0.979798 0.004090 0.001363 0.002727 0.991820 0.002048 0.993174 0.002048 0.002730 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0486.2