MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0047.2 Foxa2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 808 E= 0 0.001238 0.001238 0.001238 0.996287 0.273177 0.003708 0.719407 0.003708 0.001236 0.001236 0.001236 0.996292 0.001236 0.003708 0.044499 0.950556 0.001233 0.001233 0.215783 0.781751 0.908642 0.004938 0.082716 0.003704 0.002469 0.895062 0.002469 0.100000 0.417800 0.095179 0.003708 0.483313 0.061805 0.327565 0.071693 0.538937 0.516729 0.007435 0.029740 0.446097 0.162531 0.065757 0.598015 0.173697 0.160648 0.242839 0.361146 0.235367 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0047.2 MOTIF PB0015.1 Foxa2_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 101 E= 0 0.336634 0.207921 0.128713 0.326733 0.410000 0.180000 0.180000 0.230000 0.410000 0.130000 0.090000 0.370000 0.603960 0.079208 0.108911 0.207921 0.430000 0.040000 0.150000 0.380000 0.090000 0.010000 0.890000 0.010000 0.000000 0.040000 0.000000 0.960000 0.920000 0.070000 0.000000 0.010000 0.920000 0.070000 0.000000 0.010000 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.000000 0.660000 0.000000 0.340000 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.720000 0.070000 0.050000 0.160000 0.540000 0.100000 0.100000 0.260000 0.250000 0.270000 0.300000 0.180000 0.306931 0.207921 0.247525 0.237624 0.220000 0.280000 0.250000 0.250000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0015.1 MOTIF PB0119.1 Foxa2_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 100 E= 0 0.340000 0.230000 0.280000 0.150000 0.346535 0.237624 0.257426 0.158416 0.430000 0.130000 0.190000 0.250000 0.590000 0.090000 0.160000 0.160000 0.584158 0.227723 0.089109 0.099010 0.090000 0.100000 0.100000 0.710000 0.790000 0.060000 0.080000 0.070000 0.740000 0.030000 0.090000 0.140000 0.070000 0.720000 0.060000 0.150000 0.820000 0.080000 0.030000 0.070000 0.600000 0.150000 0.100000 0.150000 0.530000 0.140000 0.190000 0.140000 0.230000 0.290000 0.280000 0.200000 0.202020 0.232323 0.434343 0.131313 0.200000 0.290000 0.310000 0.200000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0119.1 MOTIF MA0041.1 Foxd3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 47 E= 0 0.234043 0.063830 0.553191 0.148936 0.638298 0.042553 0.000000 0.319149 0.510638 0.021277 0.000000 0.468085 0.021277 0.085106 0.000000 0.893617 0.255319 0.000000 0.723404 0.021277 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.021277 0.000000 0.000000 0.978723 0.106383 0.000000 0.212766 0.680851 0.297872 0.000000 0.446809 0.255319 0.127660 0.148936 0.000000 0.723404 0.021277 0.042553 0.085106 0.851064 0.000000 0.255319 0.000000 0.744681 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0041.1 MOTIF PB0016.1 Foxj1_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.450000 0.210000 0.120000 0.220000 0.267327 0.217822 0.247525 0.267327 0.370000 0.180000 0.170000 0.280000 0.353535 0.030303 0.585859 0.030303 0.040000 0.090000 0.010000 0.860000 0.828283 0.161616 0.000000 0.010101 0.840000 0.070000 0.000000 0.090000 0.960396 0.009901 0.009901 0.019802 0.010000 0.910000 0.000000 0.080000 0.940594 0.009901 0.009901 0.039604 0.600000 0.170000 0.070000 0.160000 0.710000 0.040000 0.070000 0.180000 0.303030 0.292929 0.181818 0.222222 0.290000 0.180000 0.250000 0.280000 0.240000 0.210000 0.250000 0.300000 0.220000 0.160000 0.290000 0.330000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0016.1 MOTIF PB0120.1 Foxj1_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 100 E= 0 0.430000 0.170000 0.170000 0.230000 0.190000 0.280000 0.200000 0.330000 0.340000 0.190000 0.370000 0.100000 0.080000 0.190000 0.230000 0.500000 0.188119 0.534653 0.188119 0.089109 0.810000 0.030000 0.150000 0.010000 0.040000 0.550000 0.040000 0.370000 0.850000 0.030000 0.070000 0.050000 0.800000 0.140000 0.030000 0.030000 0.100000 0.800000 0.060000 0.040000 0.696970 0.030303 0.121212 0.151515 0.520000 0.140000 0.180000 0.160000 0.170000 0.390000 0.230000 0.210000 0.435644 0.198020 0.227723 0.138614 0.230000 0.450000 0.150000 0.170000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0120.1 MOTIF MA0614.1 Foxj2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 999 E= 0 0.461461 0.000000 0.538539 0.000000 0.050050 0.025025 0.000000 0.924925 0.795000 0.205000 0.000000 0.000000 0.977978 0.000000 0.000000 0.022022 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.954000 0.000000 0.046000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.593594 0.125125 0.125125 0.156156 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0614.1 MOTIF MA0851.1 Foxj3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.270000 0.260000 0.210000 0.260000 0.340000 0.130000 0.310000 0.220000 0.480000 0.190000 0.160000 0.170000 0.510000 0.130000 0.170000 0.190000 0.346535 0.128713 0.326733 0.198020 0.303030 0.010101 0.686869 0.000000 0.010000 0.020000 0.000000 0.970000 0.919192 0.080808 0.000000 0.000000 0.950495 0.019802 0.000000 0.029703 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.000000 0.818182 0.000000 0.181818 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.782178 0.069307 0.059406 0.089109 0.570000 0.090000 0.070000 0.270000 0.220000 0.340000 0.260000 0.180000 0.270000 0.270000 0.240000 0.220000 0.242424 0.393939 0.171717 0.191919 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0851.1 MOTIF PB0017.1 Foxj3_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.270000 0.260000 0.210000 0.260000 0.340000 0.130000 0.310000 0.220000 0.480000 0.190000 0.160000 0.170000 0.510000 0.130000 0.170000 0.190000 0.346535 0.128713 0.326733 0.198020 0.303030 0.010101 0.686869 0.000000 0.010000 0.020000 0.000000 0.970000 0.919192 0.080808 0.000000 0.000000 0.950495 0.019802 0.000000 0.029703 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.000000 0.818182 0.000000 0.181818 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.782178 0.069307 0.059406 0.089109 0.570000 0.090000 0.070000 0.270000 0.220000 0.340000 0.260000 0.180000 0.270000 0.270000 0.240000 0.220000 0.242424 0.393939 0.171717 0.191919 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0017.1 MOTIF PB0121.1 Foxj3_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 101 E= 0 0.316832 0.247525 0.217822 0.217822 0.350000 0.160000 0.230000 0.260000 0.171717 0.303030 0.262626 0.262626 0.530000 0.100000 0.260000 0.110000 0.207921 0.386139 0.198020 0.207921 0.030303 0.858586 0.010101 0.101010 0.670000 0.280000 0.040000 0.010000 0.500000 0.240000 0.010000 0.250000 0.910000 0.040000 0.020000 0.030000 0.959596 0.010101 0.010101 0.020202 0.010000 0.860000 0.010000 0.120000 0.960000 0.010000 0.010000 0.020000 0.410000 0.130000 0.140000 0.320000 0.465347 0.128713 0.069307 0.336634 0.212121 0.101010 0.414141 0.272727 0.180000 0.310000 0.350000 0.160000 0.290000 0.220000 0.240000 0.250000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0121.1