MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF PB0059.1 Six6_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.320000 0.160000 0.290000 0.230000 0.400000 0.170000 0.110000 0.320000 0.360000 0.060000 0.180000 0.400000 0.376238 0.148515 0.336634 0.138614 0.120000 0.030000 0.820000 0.030000 0.020202 0.020202 0.929293 0.030303 0.150000 0.010000 0.840000 0.000000 0.000000 0.000000 0.050000 0.950000 0.970000 0.000000 0.030000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.010000 0.970000 0.000000 0.020000 0.940000 0.010000 0.030000 0.020000 0.260000 0.320000 0.080000 0.340000 0.350000 0.170000 0.180000 0.300000 0.240000 0.140000 0.140000 0.480000 0.350000 0.220000 0.170000 0.260000 0.181818 0.212121 0.171717 0.434343 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0059.1 MOTIF PH0165.1 Six6_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.330000 0.120000 0.280000 0.270000 0.610000 0.100000 0.070000 0.220000 0.180000 0.050000 0.130000 0.640000 0.434343 0.171717 0.323232 0.070707 0.130000 0.040000 0.810000 0.020000 0.020202 0.030303 0.919192 0.030303 0.140000 0.010000 0.850000 0.000000 0.000000 0.000000 0.050000 0.950000 0.970000 0.000000 0.030000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.010000 0.980000 0.000000 0.010000 0.940594 0.009901 0.019802 0.029703 0.370000 0.310000 0.060000 0.260000 0.267327 0.207921 0.217822 0.306931 0.292929 0.131313 0.090909 0.484848 0.350000 0.200000 0.180000 0.270000 0.090909 0.111111 0.191919 0.606061 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0165.1 MOTIF PB0163.1 Six6_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 99 E= 0 0.333333 0.272727 0.212121 0.181818 0.272727 0.171717 0.202020 0.353535 0.141414 0.282828 0.313131 0.262626 0.111111 0.313131 0.474747 0.101010 0.029703 0.069307 0.485149 0.415842 0.800000 0.060000 0.130000 0.010000 0.050000 0.060000 0.010000 0.880000 0.900000 0.030000 0.040000 0.030000 0.010000 0.020000 0.040000 0.930000 0.929293 0.050505 0.010101 0.010101 0.019802 0.148515 0.039604 0.792079 0.440000 0.490000 0.030000 0.040000 0.090000 0.630000 0.120000 0.160000 0.330000 0.180000 0.350000 0.140000 0.190000 0.330000 0.160000 0.320000 0.240000 0.360000 0.130000 0.270000 0.151515 0.131313 0.232323 0.484848 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0163.1 MOTIF PH0166.1 Six6_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 101 E= 0 0.356436 0.099010 0.346535 0.198020 0.415842 0.108911 0.158416 0.316832 0.280000 0.110000 0.180000 0.430000 0.460000 0.140000 0.300000 0.100000 0.188119 0.039604 0.722772 0.049505 0.040404 0.020202 0.898990 0.040404 0.200000 0.020000 0.780000 0.000000 0.009901 0.000000 0.029703 0.960396 0.970000 0.000000 0.020000 0.010000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.019802 0.950495 0.009901 0.019802 0.930000 0.020000 0.010000 0.040000 0.410000 0.140000 0.100000 0.350000 0.217822 0.237624 0.207921 0.336634 0.414141 0.131313 0.080808 0.373737 0.210000 0.270000 0.110000 0.410000 0.090000 0.160000 0.220000 0.530000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0166.1 MOTIF PB0060.1 Smad3_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 99 E= 0 0.282828 0.414141 0.111111 0.191919 0.336634 0.138614 0.267327 0.257426 0.400000 0.170000 0.170000 0.260000 0.366337 0.198020 0.207921 0.227723 0.242424 0.181818 0.222222 0.353535 0.029703 0.801980 0.039604 0.128713 0.000000 0.820000 0.040000 0.140000 0.930000 0.060000 0.010000 0.000000 0.010000 0.000000 0.990000 0.000000 0.970000 0.020000 0.000000 0.010000 0.010101 0.989899 0.000000 0.000000 0.670000 0.010000 0.280000 0.040000 0.131313 0.171717 0.333333 0.363636 0.200000 0.290000 0.250000 0.260000 0.424242 0.191919 0.161616 0.222222 0.212121 0.292929 0.292929 0.202020 0.370000 0.290000 0.150000 0.190000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0060.1 MOTIF PB0164.1 Smad3_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.150000 0.130000 0.250000 0.470000 0.316832 0.287129 0.148515 0.247525 0.260000 0.410000 0.110000 0.220000 0.210000 0.220000 0.350000 0.220000 0.170000 0.510000 0.080000 0.240000 0.050000 0.760000 0.090000 0.100000 0.050000 0.790000 0.120000 0.040000 0.000000 0.949495 0.030303 0.020202 0.040000 0.050000 0.890000 0.020000 0.000000 0.919192 0.020202 0.060606 0.030000 0.940000 0.010000 0.020000 0.640000 0.140000 0.110000 0.110000 0.240000 0.390000 0.180000 0.190000 0.210000 0.270000 0.090000 0.430000 0.090000 0.450000 0.210000 0.250000 0.180000 0.270000 0.150000 0.400000 0.100000 0.250000 0.370000 0.280000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0164.1 MOTIF MA1153.1 Smad4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 999 E= 0 0.088235 0.250000 0.080882 0.580883 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.595588 0.000000 0.404412 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.492647 0.272059 0.125000 0.110294 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1153.1 MOTIF MA0870.1 Sox1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 2316 E= 0 0.591105 0.170984 0.153713 0.084197 0.930868 0.020498 0.014469 0.034164 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.991863 0.005139 0.000000 0.002998 0.876941 0.123059 0.000000 0.000000 0.005582 0.000000 0.000000 0.994418 0.627612 0.001866 0.133955 0.236567 0.337505 0.219249 0.226586 0.216659 0.001664 0.963394 0.021215 0.013727 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.095312 0.904687 0.000000 0.006009 0.000000 0.993991 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.029119 0.095835 0.021379 0.853668 0.095896 0.142117 0.114471 0.647516 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0870.1 MOTIF MA0869.1 Sox11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 305 E= 0 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.003268 0.000000 0.996732 0.050617 0.048148 0.376543 0.524691 0.000000 0.996732 0.000000 0.003268 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.754950 0.245050 0.000000 0.000000 0.006515 0.993485 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.003077 0.043077 0.015385 0.938462 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0869.1 MOTIF PB0061.1 Sox11_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.350000 0.240000 0.140000 0.270000 0.198020 0.237624 0.277228 0.287129 0.350000 0.170000 0.210000 0.270000 0.484848 0.111111 0.171717 0.232323 0.280000 0.070000 0.480000 0.170000 0.868687 0.040404 0.080808 0.010101 0.980000 0.000000 0.000000 0.020000 0.009901 0.970297 0.009901 0.009901 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.990000 0.010000 0.000000 0.000000 0.696970 0.000000 0.000000 0.303030 0.190000 0.000000 0.800000 0.010000 0.350000 0.070000 0.570000 0.010000 0.540000 0.180000 0.190000 0.090000 0.200000 0.300000 0.210000 0.290000 0.290000 0.200000 0.180000 0.330000 0.386139 0.217822 0.148515 0.247525 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0061.1