MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF PB0159.1 Rfx4_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 100 E= 0 0.240000 0.180000 0.150000 0.430000 0.333333 0.282828 0.181818 0.202020 0.150000 0.370000 0.270000 0.210000 0.020202 0.929293 0.030303 0.020202 0.270000 0.390000 0.130000 0.210000 0.060000 0.030000 0.060000 0.850000 0.505051 0.010101 0.484848 0.000000 0.000000 0.000000 0.989899 0.010101 0.363636 0.000000 0.000000 0.636364 0.010000 0.010000 0.040000 0.940000 0.950000 0.010000 0.020000 0.020000 0.009901 0.970297 0.009901 0.009901 0.220000 0.350000 0.330000 0.100000 0.230000 0.270000 0.290000 0.210000 0.297030 0.267327 0.217822 0.217822 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0159.1 MOTIF PB0056.1 Rfxdc2_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 100 E= 0 0.190000 0.310000 0.210000 0.290000 0.140000 0.430000 0.190000 0.240000 0.260000 0.280000 0.360000 0.100000 0.010000 0.860000 0.100000 0.030000 0.370000 0.240000 0.150000 0.240000 0.010000 0.110000 0.000000 0.880000 0.848485 0.010101 0.141414 0.000000 0.030000 0.000000 0.960000 0.010000 0.010000 0.850000 0.000000 0.140000 0.939394 0.000000 0.050505 0.010101 0.980000 0.010000 0.010000 0.000000 0.000000 0.990000 0.000000 0.010000 0.110000 0.310000 0.550000 0.030000 0.280000 0.180000 0.410000 0.130000 0.310000 0.190000 0.280000 0.220000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0056.1 MOTIF PB0160.1 Rfxdc2_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.120000 0.370000 0.280000 0.230000 0.150000 0.180000 0.320000 0.350000 0.430000 0.210000 0.270000 0.090000 0.069307 0.663366 0.168317 0.099010 0.212121 0.151515 0.232323 0.404040 0.040404 0.191919 0.030303 0.737374 0.360000 0.040000 0.590000 0.010000 0.019802 0.019802 0.940594 0.019802 0.700000 0.010000 0.010000 0.280000 0.020000 0.020000 0.370000 0.590000 0.950000 0.010000 0.020000 0.020000 0.019802 0.940594 0.009901 0.029703 0.111111 0.333333 0.515152 0.040404 0.217822 0.247525 0.396040 0.138614 0.306931 0.178218 0.247525 0.267327 0.480000 0.130000 0.130000 0.260000 0.320000 0.230000 0.110000 0.340000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0160.1 MOTIF MA0629.1 Rhox11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.540000 0.130000 0.150000 0.180000 0.326733 0.277228 0.227723 0.168317 0.171717 0.111111 0.383838 0.333333 0.300000 0.280000 0.230000 0.190000 0.130000 0.560000 0.060000 0.250000 0.030000 0.010000 0.950000 0.010000 0.090000 0.760000 0.150000 0.000000 0.009901 0.000000 0.009901 0.980198 0.040000 0.000000 0.940000 0.020000 0.009901 0.009901 0.000000 0.980198 0.565657 0.000000 0.000000 0.434343 0.780000 0.040000 0.030000 0.150000 0.525253 0.101010 0.010101 0.363636 0.313131 0.111111 0.333333 0.242424 0.240000 0.360000 0.280000 0.120000 0.310000 0.160000 0.430000 0.100000 0.414141 0.131313 0.101010 0.353535 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0629.1 MOTIF PH0157.1 Rhox11_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.540000 0.130000 0.150000 0.180000 0.326733 0.277228 0.227723 0.168317 0.171717 0.111111 0.383838 0.333333 0.300000 0.280000 0.230000 0.190000 0.130000 0.560000 0.060000 0.250000 0.030000 0.010000 0.950000 0.010000 0.090000 0.760000 0.150000 0.000000 0.009901 0.000000 0.009901 0.980198 0.040000 0.000000 0.940000 0.020000 0.009901 0.009901 0.000000 0.980198 0.565657 0.000000 0.000000 0.434343 0.780000 0.040000 0.030000 0.150000 0.525253 0.101010 0.010101 0.363636 0.313131 0.111111 0.333333 0.242424 0.240000 0.360000 0.280000 0.120000 0.310000 0.160000 0.430000 0.100000 0.414141 0.131313 0.101010 0.353535 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0157.1 MOTIF PH0158.1 Rhox11_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.500000 0.140000 0.140000 0.220000 0.282828 0.242424 0.303030 0.171717 0.181818 0.101010 0.383838 0.333333 0.330000 0.270000 0.190000 0.210000 0.140000 0.560000 0.070000 0.230000 0.040000 0.010000 0.930000 0.020000 0.090000 0.780000 0.130000 0.000000 0.010000 0.000000 0.010000 0.980000 0.030000 0.000000 0.950000 0.020000 0.010000 0.010000 0.000000 0.980000 0.600000 0.010000 0.000000 0.390000 0.800000 0.030000 0.030000 0.140000 0.530000 0.100000 0.020000 0.350000 0.240000 0.130000 0.400000 0.230000 0.210000 0.290000 0.350000 0.150000 0.280000 0.190000 0.440000 0.090000 0.424242 0.151515 0.090909 0.333333 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0158.1 MOTIF PH0159.1 Rhox6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.360000 0.050000 0.050000 0.540000 0.310000 0.210000 0.400000 0.080000 0.237624 0.425743 0.148515 0.188119 0.280000 0.390000 0.180000 0.150000 0.080000 0.360000 0.040000 0.520000 0.030000 0.030000 0.010000 0.930000 0.868687 0.050505 0.010101 0.070707 0.939394 0.030303 0.030303 0.000000 0.000000 0.030303 0.030303 0.939394 0.070707 0.010101 0.050505 0.868687 0.930000 0.010000 0.030000 0.030000 0.520000 0.040000 0.360000 0.080000 0.070000 0.220000 0.120000 0.590000 0.080000 0.230000 0.420000 0.270000 0.101010 0.404040 0.393939 0.101010 0.250000 0.240000 0.240000 0.270000 0.212121 0.343434 0.141414 0.303030 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0159.1 MOTIF MA0202.1 Rx letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 27 E= 0 0.111111 0.481481 0.000000 0.407407 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.629630 0.000000 0.370370 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0202.1 MOTIF MA0512.1 Rxra letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 5348 E= 0 0.051982 0.845363 0.057031 0.045625 0.776739 0.078160 0.001683 0.143418 0.490464 0.047120 0.462416 0.000000 0.911930 0.000000 0.088070 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.725879 0.274121 0.000000 0.109013 0.120232 0.770755 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.215034 0.200075 0.436799 0.148093 0.306657 0.138743 0.293381 0.261219 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0512.1 MOTIF MA0512.2 Rxra letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 50494 E= 0 0.248901 0.099636 0.610191 0.041272 0.410276 0.003844 0.584439 0.001442 0.002847 0.001993 0.991045 0.004115 0.003220 0.001757 0.888363 0.106660 0.001143 0.002651 0.009046 0.987161 0.002033 0.929563 0.012096 0.056308 0.995862 0.001099 0.002586 0.000453 0.972359 0.001911 0.017826 0.007903 0.968733 0.001562 0.029298 0.000407 0.000976 0.001777 0.995971 0.001276 0.001512 0.002040 0.916411 0.080037 0.001092 0.002829 0.006627 0.989452 0.001373 0.952346 0.007586 0.038695 0.943841 0.003358 0.052014 0.000786 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0512.2