MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF PB0157.1 Rara_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.450000 0.240000 0.150000 0.160000 0.130000 0.090000 0.490000 0.290000 0.430000 0.240000 0.160000 0.170000 0.158416 0.148515 0.514851 0.178218 0.020000 0.470000 0.060000 0.450000 0.020000 0.360000 0.450000 0.170000 0.050000 0.100000 0.820000 0.030000 0.009901 0.009901 0.900990 0.079208 0.010101 0.000000 0.909091 0.080808 0.040000 0.030000 0.030000 0.900000 0.020000 0.850000 0.040000 0.090000 0.808081 0.000000 0.161616 0.030303 0.390000 0.240000 0.180000 0.190000 0.090000 0.160000 0.450000 0.300000 0.121212 0.222222 0.282828 0.373737 0.306931 0.297030 0.198020 0.198020 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0157.1 MOTIF MA0857.1 Rarb letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 1949 E= 0 0.563366 0.131862 0.092868 0.211904 0.787843 0.019287 0.139684 0.053185 0.842342 0.001287 0.156371 0.000000 0.000000 0.000000 0.999491 0.000509 0.000000 0.000507 0.983781 0.015712 0.003330 0.002220 0.008324 0.986127 0.000750 0.986507 0.006747 0.005997 0.991422 0.000000 0.008578 0.000000 0.940857 0.006639 0.001811 0.050694 0.877737 0.002433 0.105231 0.014599 0.980904 0.000000 0.019096 0.000000 0.000507 0.000000 0.999493 0.000000 0.000000 0.000489 0.866634 0.132877 0.000578 0.004624 0.002312 0.992486 0.000704 0.992254 0.001408 0.005634 0.996811 0.000000 0.001913 0.001276 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0857.1 MOTIF MA0858.1 Rarb(var.2) letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 652 E= 0 0.935583 0.004601 0.059816 0.000000 0.000000 0.001401 0.998599 0.000000 0.002907 0.001453 0.963663 0.031977 0.000000 0.002874 0.000000 0.997126 0.001449 0.994203 0.002899 0.001449 0.994536 0.000000 0.005464 0.000000 0.405817 0.290859 0.020776 0.282548 0.353191 0.357447 0.198582 0.090780 0.056380 0.354599 0.172107 0.416914 0.652757 0.050671 0.061103 0.235469 0.637821 0.006410 0.349359 0.006410 0.943870 0.000000 0.054653 0.001477 0.001462 0.001462 0.997076 0.000000 0.000000 0.002894 0.959479 0.037627 0.000000 0.004405 0.005874 0.989721 0.000000 0.994798 0.000000 0.005202 0.995690 0.000000 0.002874 0.001437 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0858.1 MOTIF MA0859.1 Rarg letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 26801 E= 0 0.468191 0.061751 0.421216 0.048841 0.691174 0.014072 0.294275 0.000479 0.000235 0.000000 0.999765 0.000000 0.000000 0.000217 0.867445 0.132338 0.001971 0.003449 0.006306 0.988275 0.000235 0.990605 0.002975 0.006185 0.998081 0.000226 0.001693 0.000000 0.956200 0.005110 0.011889 0.026802 0.900081 0.001320 0.062754 0.035845 0.958580 0.000416 0.041003 0.000000 0.000075 0.000075 0.999623 0.000226 0.000000 0.000168 0.779510 0.220322 0.000608 0.004052 0.005167 0.990173 0.000000 0.985549 0.005629 0.008822 0.990578 0.000433 0.008880 0.000108 0.461783 0.202208 0.103278 0.232731 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0859.1 MOTIF MA0860.1 Rarg(var.2) letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 4921 E= 0 0.827881 0.002032 0.163788 0.006300 0.943118 0.001453 0.055429 0.000000 0.000000 0.000679 0.998982 0.000339 0.000000 0.000000 0.965356 0.034644 0.000000 0.002539 0.002770 0.994691 0.000320 0.999680 0.000000 0.000000 0.996305 0.000739 0.002956 0.000000 0.266183 0.511171 0.073706 0.148940 0.061221 0.346656 0.476116 0.116007 0.681351 0.101112 0.117055 0.100482 0.549770 0.011616 0.427198 0.011416 0.805140 0.007151 0.187263 0.000447 0.000000 0.000000 0.999830 0.000170 0.000000 0.001491 0.939072 0.059437 0.003073 0.000439 0.000000 0.996488 0.001303 0.994228 0.000372 0.004096 0.997696 0.001047 0.001257 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0860.1 MOTIF PH0156.1 Rax letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.410000 0.060000 0.090000 0.440000 0.160000 0.280000 0.510000 0.050000 0.150000 0.530000 0.160000 0.160000 0.465347 0.178218 0.207921 0.148515 0.020000 0.530000 0.030000 0.420000 0.010000 0.250000 0.000000 0.740000 0.980000 0.010000 0.010000 0.000000 0.989899 0.000000 0.010101 0.000000 0.000000 0.010101 0.000000 0.989899 0.000000 0.010000 0.010000 0.980000 0.740000 0.000000 0.250000 0.010000 0.420000 0.030000 0.530000 0.020000 0.060000 0.550000 0.060000 0.330000 0.070000 0.290000 0.410000 0.230000 0.171717 0.434343 0.353535 0.040404 0.360000 0.340000 0.230000 0.070000 0.212121 0.323232 0.161616 0.303030 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0156.1 MOTIF MA0509.1 Rfx1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 2138 E= 0 0.135641 0.073433 0.716558 0.074369 0.027128 0.103835 0.176333 0.692703 0.067820 0.389616 0.061272 0.481291 0.196913 0.202526 0.356408 0.244153 0.017306 0.817587 0.044902 0.120206 0.000000 0.957905 0.000000 0.042095 0.586529 0.188026 0.034144 0.191300 0.064546 0.053789 0.044902 0.836763 0.282507 0.000000 0.717493 0.000000 0.086997 0.000000 0.913003 0.000000 0.134238 0.799813 0.005613 0.060337 0.838634 0.000000 0.114125 0.047240 0.973807 0.000000 0.026193 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0509.1 MOTIF PB0054.1 Rfx3_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 23 nsites= 100 E= 0 0.220000 0.230000 0.150000 0.400000 0.260000 0.130000 0.320000 0.290000 0.120000 0.190000 0.170000 0.520000 0.110000 0.280000 0.410000 0.200000 0.343434 0.313131 0.121212 0.222222 0.190000 0.370000 0.160000 0.280000 0.170000 0.580000 0.130000 0.120000 0.009901 0.920792 0.049505 0.019802 0.257426 0.287129 0.128713 0.326733 0.000000 0.010101 0.000000 0.989899 0.850000 0.010000 0.140000 0.000000 0.040000 0.000000 0.960000 0.000000 0.010000 0.920000 0.000000 0.070000 0.949495 0.000000 0.040404 0.010101 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.990000 0.000000 0.010000 0.210000 0.370000 0.320000 0.100000 0.320000 0.190000 0.370000 0.120000 0.326733 0.178218 0.227723 0.267327 0.300000 0.190000 0.130000 0.380000 0.297030 0.267327 0.099010 0.336634 0.420000 0.190000 0.130000 0.260000 0.390000 0.200000 0.130000 0.280000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0054.1 MOTIF PB0158.1 Rfx3_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 23 nsites= 100 E= 0 0.310000 0.280000 0.260000 0.150000 0.130000 0.600000 0.130000 0.140000 0.100000 0.160000 0.180000 0.560000 0.130000 0.280000 0.330000 0.260000 0.316832 0.227723 0.178218 0.277228 0.110000 0.380000 0.280000 0.230000 0.230000 0.290000 0.290000 0.190000 0.040000 0.840000 0.070000 0.050000 0.220000 0.190000 0.090000 0.500000 0.040000 0.030000 0.030000 0.900000 0.303030 0.030303 0.656566 0.010101 0.010101 0.020202 0.949495 0.020202 0.490000 0.000000 0.010000 0.500000 0.040000 0.020000 0.240000 0.700000 0.950000 0.010000 0.020000 0.020000 0.020202 0.949495 0.010101 0.020202 0.290000 0.390000 0.230000 0.090000 0.340000 0.200000 0.310000 0.150000 0.200000 0.470000 0.180000 0.150000 0.320000 0.270000 0.310000 0.100000 0.410000 0.200000 0.230000 0.160000 0.300000 0.180000 0.250000 0.270000 0.150000 0.310000 0.360000 0.180000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0158.1 MOTIF PB0055.1 Rfx4_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 100 E= 0 0.140000 0.320000 0.210000 0.330000 0.360000 0.280000 0.140000 0.220000 0.170000 0.560000 0.180000 0.090000 0.000000 0.960000 0.030000 0.010000 0.400000 0.250000 0.120000 0.230000 0.000000 0.010101 0.000000 0.989899 0.770000 0.010000 0.220000 0.000000 0.040404 0.000000 0.959596 0.000000 0.010000 0.950000 0.000000 0.040000 0.960000 0.000000 0.030000 0.010000 0.990000 0.000000 0.010000 0.000000 0.000000 0.990000 0.000000 0.010000 0.111111 0.353535 0.464646 0.070707 0.282828 0.181818 0.373737 0.161616 0.280000 0.180000 0.220000 0.320000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0055.1