MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF PH0129.1 Otx1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.300000 0.150000 0.300000 0.250000 0.190000 0.100000 0.490000 0.220000 0.370000 0.110000 0.160000 0.360000 0.430000 0.050000 0.470000 0.050000 0.178218 0.198020 0.603960 0.019802 0.080000 0.000000 0.920000 0.000000 0.009901 0.000000 0.980198 0.009901 0.959596 0.040404 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.010101 0.000000 0.000000 0.989899 0.940000 0.000000 0.000000 0.060000 0.690000 0.030000 0.140000 0.140000 0.118812 0.128713 0.099010 0.653465 0.290000 0.130000 0.090000 0.490000 0.240000 0.240000 0.200000 0.320000 0.320000 0.220000 0.160000 0.300000 0.190000 0.260000 0.240000 0.310000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0129.1 MOTIF PH0130.1 Otx2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.230000 0.210000 0.270000 0.290000 0.290000 0.070000 0.380000 0.260000 0.290000 0.150000 0.220000 0.340000 0.484848 0.151515 0.313131 0.050505 0.202020 0.111111 0.676768 0.010101 0.080000 0.010000 0.910000 0.000000 0.010101 0.000000 0.979798 0.010101 0.940594 0.049505 0.000000 0.009901 0.010000 0.000000 0.000000 0.990000 0.010101 0.000000 0.000000 0.989899 0.929293 0.000000 0.000000 0.070707 0.750000 0.020000 0.120000 0.110000 0.110000 0.150000 0.120000 0.620000 0.200000 0.340000 0.080000 0.380000 0.297030 0.128713 0.316832 0.257426 0.190000 0.170000 0.210000 0.430000 0.207921 0.445545 0.138614 0.207921 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0130.1 MOTIF MA1030.1 P0510F09.23 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 1000 E= 0 0.416000 0.113000 0.060000 0.411000 0.535000 0.024000 0.369000 0.072000 0.416000 0.562000 0.007000 0.015000 0.026000 0.962000 0.001000 0.011000 0.041000 0.928000 0.027000 0.004000 0.010000 0.001000 0.000000 0.989000 0.831169 0.031968 0.082917 0.053946 0.373000 0.132000 0.389000 0.106000 0.266000 0.258000 0.226000 0.250000 0.241000 0.256000 0.220000 0.283000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1030.1 MOTIF MA0779.1 PAX1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 5221 E= 0 0.060142 0.604673 0.272553 0.062632 0.000561 0.000000 0.984667 0.014772 0.049682 0.016985 0.000000 0.933333 0.000604 0.903602 0.000201 0.095593 0.943257 0.056215 0.000528 0.000000 0.000389 0.873007 0.000000 0.126604 0.000565 0.000377 0.998494 0.000565 0.000000 0.812396 0.187604 0.000000 0.572647 0.020941 0.011117 0.395295 0.002327 0.089890 0.000423 0.907360 0.000154 0.273162 0.718345 0.008338 0.857040 0.000479 0.142481 0.000000 0.186131 0.367969 0.277841 0.168060 0.015093 0.124822 0.006527 0.853559 0.140819 0.001825 0.711395 0.145961 0.281535 0.496222 0.222244 0.000000 0.385896 0.311870 0.113885 0.188349 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0779.1 MOTIF MA0780.1 PAX3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 10576 E= 0 0.188540 0.022977 0.037254 0.751229 0.980380 0.003949 0.011846 0.003825 0.993870 0.003002 0.001501 0.001626 0.001115 0.012512 0.002106 0.984267 0.001496 0.656815 0.007732 0.333957 0.335500 0.006000 0.657625 0.000875 0.986344 0.002731 0.007076 0.003849 0.000000 0.001756 0.001756 0.996488 0.007124 0.011914 0.005158 0.975804 0.841988 0.024693 0.020877 0.112442 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0780.1 MOTIF MA0068.2 PAX4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 522 E= 0 0.070881 0.637931 0.090038 0.201149 0.107209 0.055453 0.221811 0.615527 0.985207 0.005917 0.000000 0.008876 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.014793 0.985207 0.048387 0.029570 0.026882 0.895161 0.748315 0.200000 0.024719 0.026966 0.243112 0.150729 0.539708 0.066451 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0068.2 MOTIF MA0014.2 PAX5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 19 nsites= 896 E= 0 0.291295 0.254464 0.371652 0.082589 0.351562 0.065848 0.247768 0.334821 0.343750 0.033482 0.609375 0.013393 0.273438 0.165179 0.375000 0.186384 0.000000 0.188616 0.507812 0.303571 0.043527 0.821429 0.000000 0.135045 0.854911 0.023438 0.092634 0.029018 0.169643 0.181920 0.594866 0.053571 0.010045 0.600446 0.039062 0.350446 0.194196 0.467634 0.328125 0.010045 0.604911 0.008929 0.383929 0.002232 0.599330 0.018973 0.206473 0.175223 0.000000 0.239955 0.757812 0.002232 0.003348 0.838170 0.018973 0.139509 0.353795 0.018973 0.602679 0.024554 0.170759 0.045759 0.172991 0.610491 0.251116 0.006696 0.735491 0.006696 0.655134 0.036830 0.247768 0.060268 0.169643 0.744420 0.027902 0.058036 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0014.2 MOTIF MA0014.3 PAX5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 1412 E= 0 0.382436 0.126771 0.409348 0.081445 0.442635 0.104816 0.250708 0.201841 0.012748 0.106941 0.871813 0.008499 0.012748 0.903683 0.024079 0.059490 0.078612 0.024788 0.880312 0.016289 0.066572 0.062323 0.021246 0.849858 0.011331 0.026204 0.959632 0.002833 0.880312 0.027620 0.049575 0.042493 0.022663 0.924221 0.040368 0.012748 0.048867 0.765581 0.083569 0.101983 0.266997 0.286827 0.220963 0.225212 0.186261 0.285411 0.254249 0.274079 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0014.3 MOTIF MA0680.1 PAX7 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 4553 E= 0 0.149132 0.014935 0.021524 0.814408 0.989328 0.004803 0.004269 0.001601 0.999192 0.000808 0.000000 0.000000 0.001605 0.005618 0.000803 0.991974 0.002672 0.784073 0.006414 0.206841 0.303882 0.007229 0.688889 0.000000 0.994635 0.000000 0.002682 0.002682 0.003226 0.000000 0.000000 0.996774 0.005581 0.006644 0.002392 0.985384 0.909715 0.017664 0.011531 0.061089 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0680.1 MOTIF MA0781.1 PAX9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 3984 E= 0 0.038655 0.604920 0.295181 0.061245 0.000000 0.000000 0.997383 0.002617 0.020983 0.004071 0.001879 0.973066 0.000000 0.956665 0.000000 0.043335 0.977677 0.021418 0.000603 0.000302 0.000000 0.935304 0.000000 0.064696 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.835595 0.164405 0.000000 0.597985 0.026974 0.004225 0.370816 0.000307 0.020878 0.000000 0.978815 0.000604 0.284105 0.714688 0.000604 0.868206 0.000000 0.131794 0.000000 0.180238 0.412344 0.278760 0.128658 0.001794 0.061883 0.000000 0.936323 0.035420 0.001996 0.899975 0.062609 0.303893 0.581509 0.114599 0.000000 0.435580 0.266055 0.128440 0.169924 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0781.1