MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF PB0152.1 Nkx3-1_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.360000 0.250000 0.300000 0.090000 0.330000 0.370000 0.110000 0.190000 0.260000 0.130000 0.250000 0.360000 0.140000 0.370000 0.250000 0.240000 0.272727 0.363636 0.282828 0.080808 0.470000 0.020000 0.400000 0.110000 0.650000 0.030000 0.260000 0.060000 0.040000 0.010000 0.900000 0.050000 0.010000 0.050000 0.040000 0.900000 0.900000 0.040000 0.050000 0.010000 0.050000 0.900000 0.010000 0.040000 0.060000 0.260000 0.030000 0.650000 0.110000 0.400000 0.020000 0.470000 0.148515 0.188119 0.336634 0.326733 0.230000 0.210000 0.410000 0.150000 0.464646 0.262626 0.151515 0.121212 0.430000 0.210000 0.170000 0.190000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0152.1 MOTIF MA0122.1 Nkx3-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 24 E= 0 0.166667 0.291667 0.166667 0.375000 0.041667 0.166667 0.208333 0.583333 0.541667 0.041667 0.291667 0.125000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.250000 0.000000 0.750000 0.000000 0.166667 0.250000 0.500000 0.083333 0.375000 0.291667 0.208333 0.125000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0122.1 MOTIF PH0004.1 Nkx3-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.300000 0.350000 0.240000 0.110000 0.360000 0.230000 0.070000 0.340000 0.230000 0.140000 0.140000 0.490000 0.560000 0.160000 0.200000 0.080000 0.510000 0.130000 0.110000 0.250000 0.050000 0.680000 0.260000 0.010000 0.000000 0.900000 0.000000 0.100000 0.950000 0.000000 0.000000 0.050000 0.040000 0.960000 0.000000 0.000000 0.000000 0.010000 0.000000 0.990000 0.000000 0.050000 0.000000 0.950000 0.930000 0.010000 0.000000 0.060000 0.633663 0.039604 0.148515 0.178218 0.270000 0.340000 0.280000 0.110000 0.310000 0.250000 0.240000 0.200000 0.550000 0.190000 0.120000 0.140000 0.190000 0.330000 0.170000 0.310000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0004.1 MOTIF PH0118.1 Nkx6-1_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.230000 0.140000 0.470000 0.160000 0.336634 0.306931 0.207921 0.148515 0.350000 0.160000 0.150000 0.340000 0.560000 0.080000 0.110000 0.250000 0.770000 0.020000 0.020000 0.190000 0.181818 0.010101 0.020202 0.787879 0.000000 0.040404 0.000000 0.959596 0.990000 0.000000 0.000000 0.010000 0.989899 0.000000 0.000000 0.010101 0.020000 0.000000 0.000000 0.980000 0.010000 0.010000 0.170000 0.810000 0.880000 0.000000 0.090000 0.030000 0.320000 0.450000 0.100000 0.130000 0.120000 0.300000 0.110000 0.470000 0.140000 0.260000 0.210000 0.390000 0.140000 0.310000 0.250000 0.300000 0.060000 0.240000 0.510000 0.190000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0118.1 MOTIF PH0119.1 Nkx6-1_2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 99 E= 0 0.373737 0.232323 0.252525 0.141414 0.260000 0.240000 0.390000 0.110000 0.090000 0.210000 0.060000 0.640000 0.560000 0.080000 0.070000 0.290000 0.848485 0.020202 0.020202 0.111111 0.180000 0.010000 0.040000 0.770000 0.000000 0.070000 0.000000 0.930000 0.980000 0.000000 0.010000 0.010000 0.989899 0.000000 0.000000 0.010101 0.020000 0.000000 0.000000 0.980000 0.010000 0.020000 0.260000 0.710000 0.790000 0.000000 0.170000 0.040000 0.090000 0.430000 0.220000 0.260000 0.148515 0.237624 0.277228 0.336634 0.080808 0.343434 0.060606 0.515152 0.120000 0.570000 0.130000 0.180000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0119.1 MOTIF PH0120.1 Nkx6-3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.210000 0.170000 0.430000 0.190000 0.383838 0.232323 0.222222 0.161616 0.310000 0.210000 0.170000 0.310000 0.460000 0.100000 0.100000 0.340000 0.673267 0.029703 0.019802 0.277228 0.178218 0.019802 0.029703 0.772277 0.010000 0.070000 0.000000 0.920000 0.980198 0.000000 0.009901 0.009901 0.980000 0.000000 0.010000 0.010000 0.020202 0.000000 0.000000 0.979798 0.010000 0.020000 0.250000 0.720000 0.848485 0.000000 0.121212 0.030303 0.300000 0.350000 0.230000 0.120000 0.090000 0.190000 0.160000 0.560000 0.140000 0.220000 0.310000 0.330000 0.191919 0.262626 0.232323 0.313131 0.080000 0.220000 0.450000 0.250000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0120.1 MOTIF MA0125.1 Nobox letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 38 E= 0 0.000000 0.026316 0.000000 0.973684 0.947368 0.000000 0.000000 0.052632 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.026316 0.026316 0.052632 0.894737 0.052632 0.000000 0.105263 0.842105 0.394737 0.000000 0.578947 0.026316 0.105263 0.315789 0.473684 0.105263 0.052632 0.342105 0.157895 0.447368 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0125.1 MOTIF PH0127.1 Nobox letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.170000 0.500000 0.200000 0.130000 0.128713 0.178218 0.534653 0.158416 0.232323 0.282828 0.252525 0.232323 0.310000 0.230000 0.360000 0.100000 0.019802 0.574257 0.029703 0.376238 0.020000 0.330000 0.000000 0.650000 0.910891 0.009901 0.069307 0.009901 0.960000 0.000000 0.010000 0.030000 0.030000 0.010000 0.000000 0.960000 0.009901 0.069307 0.009901 0.910891 0.650000 0.000000 0.330000 0.020000 0.376238 0.029703 0.574257 0.019802 0.141414 0.161616 0.393939 0.303030 0.300000 0.190000 0.160000 0.350000 0.440000 0.160000 0.160000 0.240000 0.230000 0.290000 0.170000 0.310000 0.150000 0.410000 0.250000 0.190000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0127.1 MOTIF MA0626.1 Npas2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 1000 E= 0 0.273000 0.177000 0.293000 0.257000 0.154154 0.377377 0.420420 0.048048 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.081081 0.918919 0.000000 0.000000 0.081081 0.000000 0.918919 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.081081 0.000000 0.918919 0.000000 0.074000 0.172000 0.188000 0.566000 0.297000 0.299000 0.202000 0.202000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0626.1 MOTIF MA0494.1 Nr1h3::Rxra letter-probability matrix: alength= 4 w= 19 nsites= 1269 E= 0 0.000000 0.039401 0.022065 0.938534 0.110323 0.023641 0.858156 0.007880 0.581560 0.191489 0.107959 0.118991 0.193853 0.765169 0.000000 0.040977 0.045705 0.851064 0.002364 0.100867 0.061466 0.246651 0.100867 0.591017 0.282112 0.250591 0.270292 0.197006 0.294720 0.202522 0.264775 0.237983 0.625690 0.000000 0.252955 0.121355 0.219070 0.014972 0.711584 0.054374 0.060678 0.000000 0.003152 0.936170 0.440504 0.060678 0.346730 0.152088 0.709220 0.139480 0.151300 0.000000 0.200946 0.758077 0.015760 0.025217 0.092199 0.819543 0.000000 0.088258 0.008668 0.395587 0.033097 0.562648 0.106383 0.400315 0.154452 0.338849 0.221434 0.154452 0.262411 0.361702 0.186761 0.228526 0.345942 0.238771 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0494.1