MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF PH0112.1 Nkx2-3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 99 E= 0 0.111111 0.434343 0.070707 0.383838 0.099010 0.366337 0.138614 0.396040 0.080808 0.141414 0.090909 0.686869 0.160000 0.150000 0.100000 0.590000 0.800000 0.000000 0.170000 0.030000 0.880000 0.010000 0.090000 0.020000 0.010000 0.020000 0.960000 0.010000 0.000000 0.250000 0.000000 0.750000 0.750000 0.000000 0.250000 0.000000 0.010000 0.960000 0.020000 0.010000 0.020000 0.090000 0.010000 0.880000 0.030000 0.170000 0.000000 0.800000 0.535354 0.171717 0.202020 0.090909 0.580000 0.080000 0.230000 0.110000 0.210000 0.210000 0.190000 0.390000 0.230000 0.170000 0.400000 0.200000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0112.1 MOTIF PH0113.1 Nkx2-4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 101 E= 0 0.277228 0.207921 0.158416 0.356436 0.500000 0.120000 0.190000 0.190000 0.630000 0.050000 0.130000 0.190000 0.252525 0.171717 0.404040 0.171717 0.090000 0.760000 0.130000 0.020000 0.010000 0.820000 0.000000 0.170000 0.858586 0.010101 0.000000 0.131313 0.020202 0.979798 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.010000 0.220000 0.000000 0.770000 0.277228 0.178218 0.524752 0.019802 0.881188 0.000000 0.029703 0.089109 0.430000 0.380000 0.150000 0.040000 0.515152 0.161616 0.040404 0.282828 0.227723 0.188119 0.049505 0.534653 0.140000 0.250000 0.050000 0.560000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0113.1 MOTIF MA0063.1 Nkx2-5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 17 E= 0 0.411765 0.000000 0.058824 0.529412 0.000000 0.235294 0.000000 0.764706 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.411765 0.588235 0.235294 0.117647 0.000000 0.647059 0.117647 0.058824 0.647059 0.176471 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0063.1 MOTIF PH0114.1 Nkx2-5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.280000 0.280000 0.140000 0.300000 0.400000 0.110000 0.330000 0.160000 0.640000 0.030000 0.220000 0.110000 0.181818 0.141414 0.373737 0.303030 0.020000 0.860000 0.120000 0.000000 0.000000 0.960000 0.000000 0.040000 0.950000 0.010000 0.000000 0.040000 0.020202 0.979798 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.010000 0.070000 0.000000 0.920000 0.393939 0.090909 0.494949 0.020202 0.870000 0.010000 0.050000 0.070000 0.630000 0.160000 0.170000 0.040000 0.360000 0.130000 0.090000 0.420000 0.128713 0.207921 0.029703 0.633663 0.090000 0.270000 0.090000 0.550000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0114.1 MOTIF MA0503.1 Nkx2-5(var.2) letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 3429 E= 0 0.522018 0.095363 0.239428 0.143190 0.373870 0.055993 0.427822 0.142316 0.100321 0.518227 0.376786 0.004666 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.719452 0.001750 0.000000 0.278798 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.988918 0.000000 0.011082 0.833479 0.125693 0.000000 0.040828 0.660542 0.000875 0.240595 0.097988 0.146398 0.278798 0.523476 0.051327 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0503.1 MOTIF PH0115.1 Nkx2-6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.220000 0.200000 0.220000 0.360000 0.396040 0.158416 0.267327 0.178218 0.790000 0.020000 0.130000 0.060000 0.210000 0.150000 0.350000 0.290000 0.020000 0.850000 0.130000 0.000000 0.000000 0.940000 0.000000 0.060000 0.970000 0.000000 0.000000 0.030000 0.020000 0.980000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.060000 0.000000 0.940000 0.670000 0.010000 0.310000 0.010000 0.760000 0.010000 0.030000 0.200000 0.336634 0.356436 0.277228 0.029703 0.440000 0.200000 0.110000 0.250000 0.130000 0.210000 0.040000 0.620000 0.090000 0.230000 0.030000 0.650000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0115.1 MOTIF PH0116.1 Nkx2-9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.250000 0.080000 0.160000 0.510000 0.150000 0.200000 0.120000 0.530000 0.232323 0.151515 0.070707 0.545455 0.320000 0.100000 0.240000 0.340000 0.670000 0.000000 0.310000 0.020000 0.870000 0.010000 0.090000 0.030000 0.009901 0.029703 0.950495 0.009901 0.000000 0.222222 0.000000 0.777778 0.777778 0.000000 0.222222 0.000000 0.009901 0.950495 0.029703 0.009901 0.030000 0.090000 0.010000 0.870000 0.020000 0.310000 0.000000 0.670000 0.414141 0.171717 0.252525 0.161616 0.797980 0.020202 0.050505 0.131313 0.595960 0.121212 0.101010 0.181818 0.240000 0.120000 0.210000 0.430000 0.148515 0.356436 0.128713 0.366337 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0116.1 MOTIF PH0117.1 Nkx3-1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.230000 0.130000 0.210000 0.430000 0.360000 0.120000 0.160000 0.360000 0.230000 0.350000 0.160000 0.260000 0.287129 0.079208 0.227723 0.405941 0.760000 0.000000 0.220000 0.020000 0.850000 0.010000 0.120000 0.020000 0.010000 0.040000 0.940000 0.010000 0.000000 0.140000 0.010000 0.850000 0.850000 0.010000 0.140000 0.000000 0.010000 0.940000 0.040000 0.010000 0.020000 0.120000 0.010000 0.850000 0.020000 0.220000 0.000000 0.760000 0.690000 0.100000 0.050000 0.160000 0.636364 0.050505 0.222222 0.090909 0.570000 0.140000 0.140000 0.150000 0.303030 0.080808 0.171717 0.444444 0.202020 0.252525 0.303030 0.242424 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PH0117.1 MOTIF MA0124.2 Nkx3-1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 5334 E= 0 0.457068 0.185789 0.255156 0.101987 0.117246 0.637624 0.212262 0.032867 0.000000 0.939095 0.001760 0.059145 0.976927 0.005127 0.001831 0.016114 0.010902 0.985772 0.001663 0.001663 0.000000 0.000187 0.000000 0.999813 0.000000 0.045446 0.000000 0.954554 0.846288 0.043306 0.027443 0.082963 0.513821 0.135510 0.205336 0.145334 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0124.2 MOTIF PB0048.1 Nkx3-1_1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.320000 0.360000 0.130000 0.190000 0.270000 0.150000 0.140000 0.440000 0.310000 0.130000 0.210000 0.350000 0.510000 0.150000 0.230000 0.110000 0.316832 0.178218 0.277228 0.227723 0.060000 0.820000 0.110000 0.010000 0.000000 0.870000 0.000000 0.130000 0.960000 0.000000 0.000000 0.040000 0.030303 0.969697 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.050000 0.000000 0.950000 0.920792 0.009901 0.009901 0.059406 0.742574 0.049505 0.099010 0.108911 0.210000 0.340000 0.350000 0.100000 0.240000 0.240000 0.280000 0.240000 0.494949 0.171717 0.212121 0.121212 0.180000 0.250000 0.250000 0.320000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/PB0048.1