MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0122.2 NKX3-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 5712 E= 0 0.385504 0.180672 0.282038 0.151786 0.157716 0.525290 0.260438 0.056557 0.003366 0.915531 0.002885 0.078218 0.930596 0.017107 0.007983 0.044314 0.028644 0.962426 0.004381 0.004549 0.000865 0.006231 0.004327 0.988577 0.004381 0.033193 0.000000 0.962426 0.815650 0.050978 0.024704 0.108668 0.501801 0.117632 0.215760 0.164807 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0122.2 MOTIF MA0674.1 NKX6-1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 2213 E= 0 0.182106 0.314053 0.331676 0.172164 0.000000 0.258925 0.000000 0.741075 0.584545 0.334441 0.000000 0.081014 0.897727 0.081169 0.004870 0.016234 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.025054 0.019438 0.000000 0.955508 0.926298 0.011307 0.055276 0.007119 0.655219 0.132851 0.064166 0.147763 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0674.1 MOTIF MA0675.1 NKX6-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 18935 E= 0 0.198627 0.320676 0.276102 0.204595 0.056020 0.374313 0.038908 0.530759 0.503057 0.335888 0.046655 0.114400 0.947603 0.015514 0.009559 0.027325 0.029920 0.000000 0.000000 0.970080 0.102038 0.092322 0.022781 0.782859 0.912178 0.017824 0.037335 0.032662 0.526619 0.182582 0.087673 0.203127 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0675.1 MOTIF MA0710.1 NOTO letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 21405 E= 0 0.263069 0.265452 0.305022 0.166456 0.033953 0.613529 0.027066 0.325452 0.214566 0.120964 0.017324 0.647146 0.700673 0.292875 0.000000 0.006452 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.016799 0.002785 0.018955 0.961461 0.843846 0.000000 0.081093 0.075061 0.328802 0.180145 0.358748 0.132306 0.190507 0.360226 0.256610 0.192656 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0710.1 MOTIF MA1146.1 NR1A4::RXRA letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 1000 E= 0 0.223000 0.172000 0.451000 0.154000 0.653654 0.055055 0.280280 0.011011 0.029000 0.015000 0.937000 0.019000 0.021978 0.008991 0.645355 0.323676 0.024000 0.049000 0.101000 0.826000 0.011011 0.875876 0.013013 0.100100 0.720721 0.013013 0.249249 0.017017 0.144000 0.121000 0.075000 0.660000 0.022977 0.091908 0.047952 0.837163 0.108000 0.102000 0.753000 0.037000 0.762238 0.111888 0.077922 0.047952 0.134134 0.773774 0.009009 0.083083 0.113000 0.798000 0.038000 0.051000 0.025000 0.383000 0.071000 0.521000 0.095000 0.313000 0.212000 0.380000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1146.1 MOTIF MA0115.1 NR1H2::RXRA letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 25 E= 0 0.680000 0.200000 0.000000 0.120000 0.680000 0.040000 0.200000 0.080000 0.800000 0.000000 0.200000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.960000 0.040000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.960000 0.000000 0.000000 0.040000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.800000 0.040000 0.080000 0.080000 0.000000 0.600000 0.240000 0.160000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0115.1 MOTIF MA1110.1 NR1H4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 505 E= 0 0.150495 0.164356 0.231683 0.453465 0.134653 0.475248 0.172277 0.217822 0.912871 0.019802 0.023762 0.043564 0.817822 0.055446 0.071287 0.055446 0.005941 0.029703 0.011881 0.952475 0.047525 0.013861 0.914851 0.023762 0.900990 0.043564 0.027723 0.027723 0.051485 0.926733 0.000000 0.021782 0.023762 0.942574 0.011881 0.021782 0.142574 0.267327 0.160396 0.429703 0.267327 0.259406 0.207921 0.265347 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1110.1 MOTIF MA0504.1 NR2C2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 395 E= 0 0.326582 0.318987 0.227848 0.126582 0.207595 0.177215 0.559494 0.055696 0.488608 0.015190 0.493671 0.002532 0.000000 0.020253 0.926582 0.053165 0.025316 0.007595 0.898734 0.068354 0.007595 0.000000 0.200000 0.792405 0.015190 0.782278 0.136709 0.065823 0.868354 0.000000 0.121519 0.010127 0.473418 0.000000 0.526582 0.000000 0.820253 0.000000 0.179747 0.000000 0.025316 0.000000 0.974684 0.000000 0.027848 0.000000 0.850633 0.121519 0.000000 0.068354 0.225316 0.706329 0.022785 0.797468 0.088608 0.091139 0.734177 0.000000 0.232911 0.032911 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0504.1 MOTIF MA0017.1 NR2F1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 13 E= 0 0.000000 0.000000 0.153846 0.846154 0.076923 0.000000 0.923077 0.000000 0.923077 0.000000 0.076923 0.000000 0.461538 0.538462 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.230769 0.000000 0.769231 0.000000 0.153846 0.000000 0.846154 0.076923 0.000000 0.000000 0.923077 0.153846 0.000000 0.846154 0.000000 0.461538 0.307692 0.230769 0.000000 0.461538 0.384615 0.076923 0.076923 0.076923 0.769231 0.076923 0.076923 0.230769 0.461538 0.000000 0.307692 0.000000 0.230769 0.230769 0.538462 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0017.1 MOTIF MA0017.2 NR2F1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 23504 E= 0 0.204306 0.486981 0.139381 0.169333 0.602538 0.140310 0.095613 0.161539 0.525211 0.032095 0.403798 0.038895 0.691463 0.000000 0.308537 0.000000 0.000000 0.002482 0.997518 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.992510 0.000000 0.007490 0.000000 0.424247 0.253338 0.134174 0.188241 0.267767 0.245957 0.364458 0.121818 0.271664 0.204826 0.322249 0.201260 0.116124 0.059523 0.753506 0.070847 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0017.2